Formation au séquençage : rencontre avec Ibrehima Guindo
Formation au séquençage : rencontre avec Ibrehima Guindo
Pendant trois semaines, six scientifiques du Sénégal, du Mali et du Burkina Faso ont été accueillis par l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes pour une formation au sein de la plateforme génomique du CHU Henri Mondor (AP-HP).
Rencontre avec l’un d’entre eux, Ibrehima Guindo, pharmacien biologiste et responsable du département laboratoire de l’Institut National de Santé Publique (INSP) de Bamako (Mali).
Comment la surveillance des variants est-elle réalisée au Mali ?
La surveillance des variants est réalisée de façon timide car les tests de laboratoire permettant la détection des variants ne sont pas encore disponibles pour une utilisation en routine. Le pays s’appuie sur les capacités nationales, à travers des laboratoires de recherche disposant des capacités techniques, mais aussi sur les centres collaborateurs de l’OMS dans la sous-région Ouest Africaine et dans le monde. Cela nous permet d’avoir des échantillons séquencés, mais très souvent peu représentatifs de la situation épidémiologique en temps réel.
Quel est le rôle du laboratoire de l’INSP dans cette surveillance ?
L’INSP est la structure qui coordonne les réponses aux évènements de santé publique de portée nationale et internationale. A cet effet, il joue un rôle central dans la gestion des épidémies.
Il coordonne le groupe des laboratoires de diagnostic de chaque maladie à potentiel épidémique du pays, et son rôle consiste à déterminer les capacités en termes de prélèvements, de tests et de transmission des résultats. A cet effet, il coordonne la formation des agents des districts sanitaires et des hôpitaux au prélèvement, conditionnement et transport des échantillons vers les sites ayant des capacités de diagnostic. Il assure également la formation des agents desdits sites. Enfin, dans le cadre de la surveillance épidémiologique, il coordonne l’approvisionnement de ces sites en matériels, équipements, réactifs et consommables.
Quel était l’objet de cette formation et que vous a-t-elle apporté ?
Cette formation avait pour objectif de renforcer les capacités pratiques de séquençage, notamment la réalisation des techniques de Next Generation Sequencing.
Cela va apporter une expertise de plus dans le pays dans le domaine du laboratoire en général, mais particulièrement dans le domaine de la surveillance moléculaire.
À court terme, cela nous permettra de former également d’autres agents de nos laboratoires respectifs et ainsi de pouvoir proposer un diagnostic moléculaire avancé dans le cadre de la surveillance épidémiologique.
C’est une excellente formation et tous les objectifs fixés ont été atteints.
La pratique en temps réel et l’excellent coaching dont nous avons bénéficié nous a permis de prendre en main les outils et de travailler sur des échantillons apportés de nos pays respectifs.
Comment le projet AFROSCREEN s’intègre-t-il dans le paysage du séquençage au Mali ?
Le projet viendra renforcer le système déjà existant.
Le renforcement des capacités de séquençage, l’acquisition de NGS (miniSeq) et de matériels complémentaires, l’approvisionnement en réactifs et consommables de séquençage, et les activités mises en place dans le cadre d’AFROSCREEN permettront de rehausser le niveau du service de laboratoire offert dans le cadre de la surveillance.
L’accueil, le suivi et l’accompagnement des Dr. Guindo et de ses collègues burkinabés, maliens, et sénégalais tout au long de la formation dispensée par la plateforme génomique du CHU Henri Mondor, ont été assurés par Science Accueil, partenaire de l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes.
En savoir plus :
Une formation au séquençage organisée en Février 2022
Comment la surveillance des variants est-elle réalisée au Mali ?
La surveillance des variants est réalisée de façon timide car les tests de laboratoire permettant la détection des variants ne sont pas encore disponibles pour une utilisation en routine. Le pays s’appuie sur les capacités nationales, à travers des laboratoires de recherche disposant des capacités techniques, mais aussi sur les centres collaborateurs de l’OMS dans la sous-région Ouest Africaine et dans le monde. Cela nous permet d’avoir des échantillons séquencés, mais très souvent peu représentatifs de la situation épidémiologique en temps réel.
Quel est le rôle du laboratoire de l’INSP dans cette surveillance ?
L’INSP est la structure qui coordonne les réponses aux évènements de santé publique de portée nationale et internationale. A cet effet, il joue un rôle central dans la gestion des épidémies.
Il coordonne le groupe des laboratoires de diagnostic de chaque maladie à potentiel épidémique du pays, et son rôle consiste à déterminer les capacités en termes de prélèvements, de tests et de transmission des résultats. A cet effet, il coordonne la formation des agents des districts sanitaires et des hôpitaux au prélèvement, conditionnement et transport des échantillons vers les sites ayant des capacités de diagnostic. Il assure également la formation des agents desdits sites. Enfin, dans le cadre de la surveillance épidémiologique, il coordonne l’approvisionnement de ces sites en matériels, équipements, réactifs et consommables.
Quel était l’objet de cette formation et que vous a-t-elle apporté ?
Cette formation avait pour objectif de renforcer les capacités pratiques de séquençage, notamment la réalisation des techniques de Next Generation Sequencing.
Cela va apporter une expertise de plus dans le pays dans le domaine du laboratoire en général, mais particulièrement dans le domaine de la surveillance moléculaire.
À court terme, cela nous permettra de former également d’autres agents de nos laboratoires respectifs et ainsi de pouvoir proposer un diagnostic moléculaire avancé dans le cadre de la surveillance épidémiologique.
C’est une excellente formation et tous les objectifs fixés ont été atteints.
La pratique en temps réel et l’excellent coaching dont nous avons bénéficié nous a permis de prendre en main les outils et de travailler sur des échantillons apportés de nos pays respectifs.
Comment le projet AFROSCREEN s’intègre-t-il dans le paysage du séquençage au Mali ?
Le projet viendra renforcer le système déjà existant.
Le renforcement des capacités de séquençage, l’acquisition de NGS (miniSeq) et de matériels complémentaires, l’approvisionnement en réactifs et consommables de séquençage, et les activités mises en place dans le cadre d’AFROSCREEN permettront de rehausser le niveau du service de laboratoire offert dans le cadre de la surveillance.
L’accueil, le suivi et l’accompagnement des Dr. Guindo et de ses collègues burkinabés, maliens, et sénégalais tout au long de la formation dispensée par la plateforme génomique du CHU Henri Mondor, ont été assurés par Science Accueil, partenaire de l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes.
En savoir plus :
Une formation au séquençage organisée en Février 2022