Formation au séquençage : rencontre avec Fatoumata Diallo
Formation au séquençage : rencontre avec Fatoumata Diallo
Pendant trois semaines, six scientifiques du Sénégal, du Mali et du Burkina Faso ont été accueillis par l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes pour une formation au sein de la plateforme génomique du CHU Henri Mondor (AP-HP).
Rencontre avec l’une d’entre eux, Fatoumata Diallo, médecin biologiste au laboratoire de Bactériologie-Virologie du Centre Hospitalier National Universitaire de Fann, à Dakar (Sénégal).
Comment la surveillance des variants est-elle réalisée au Sénégal ?
Pour le moment, seuls deux laboratoires sont activement impliqués dans la surveillance des variants au Sénégal. Il s’agit de l’Institut Pasteur de Dakar (IPD) et de l’IRESSEF (Institut de Recherche en Santé et de Surveillance Epidémiologique).
Ces laboratoires reçoivent des échantillons provenant de patients hospitalisés dans les différents CTE (Centres de Traitement des Epidémies) du pays et/ou de personnes voyageant au Sénégal. Une fois le diagnostic COVID posé, un échantillonnage est effectué selon des critères préétablis pour sélectionner les souches à séquencer. Les résultats du séquençage sont par la suite transmis au ministère de la Santé.
Il faut noter qu’à ce jour, aucun laboratoire du système public n’est impliqué dans cette surveillance des variants, ce qui est quelque part une anomalie. En équipant le laboratoire du CHNU de Fann, le projet AFROSCREEN va permettre de corriger cela.
Quel est le rôle du laboratoire de bactériologie-Virologie du CHNU de Fann dans cette surveillance ?
Le laboratoire de Bactériologie-Virologie de FANN a une triple vocation : le diagnostic, la formation et la surveillance épidémiologique.
Il se trouve dans l’un des plus grands hôpitaux du Sénégal, l’hôpital de FANN qui est un hôpital de niveau 3 qui dispose notamment d’un service d’infectiologie, le plus important du pays, et d’un service de pneumologie.
Depuis la mise en place du projet APHRO-CoV pendant l’épidémie de Covid, le laboratoire a reçu l’autorisation de faire les tests COVID par RT-PCR. C’est ainsi que les résultats des tests qui y sont effectués depuis maintenant un an sont quotidiennement transmis au ministère de la Santé qui les intègre dans son communiqué journalier.
Quel était l’objet de cette formation et que vous a-t-elle apporté ?
L’objectif de cette formation était de renforcer nos capacités de détection et d’analyse des mutations du SARS-CoV-2. Ceci passe par un renforcement de nos compétences en séquençage mais aussi en analyse bio-informatique des séquences.
Une restitution sera faite à notre retour au reste du personnel du laboratoire, afin de partager les connaissances acquises, ce qui renforcera de façon globale les capacités du laboratoire de Fann dans la surveillance des variants du SARS-CoV-2.
Nous saluons l’accueil chaleureux dont nous avons bénéficié à notre arrivée à Paris, l’intégration mais aussi les échanges intéressants que nous avons eu avec le personnel de l’unité de virologie du CHU Henri Mondor (AP-HP), notamment sur la façon de s’organiser une fois de retour chez nous. Nous espérons que de ce projet naitra une collaboration entre les pays impliqués comme le Burkina Faso et le Mali mais aussi avec le CHU Henri Mondor pour une meilleure surveillance des variants du SARS-CoV-2 en Afrique.
Comment le projet AFROSCREEN s’intègre-t-il dans le paysage du séquençage au Sénégal ?
Ce projet est très bien accueilli au Sénégal et plus particulièrement au CHNU de Fann où se trouve le principal service des maladies infectieuses du pays. Il s’inscrit dans la continuité du projet Aphro-CoV, qui a permis d’équiper le laboratoire de FANN pour qu’il puisse faire le diagnostic de la COVID-19.
Aujourd’hui, le projet AFROSCREEN va permettre une meilleure surveillance des variants dans le pays. Le laboratoire de Fann faisant déjà partie des laboratoires qui sont impliqués dans le diagnostic de la COVID-19 au Sénégal, les données du séquençage pour la détection des variants du SARS-CoV-2 viendront compléter celles qui sont déjà transmises chaque jour au ministère de la Santé.
L’accueil, le suivi et l’accompagnement des Dr. Diallo et de ses collègues burkinabés, maliens, et sénégalais tout au long de la formation dispensée par la plateforme génomique du CHU Henri Mondor, ont été assurés par Science Accueil, partenaire de l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes.
En savoir plus :
Une formation au séquençage organisée en Février 2022
Comment la surveillance des variants est-elle réalisée au Sénégal ?
Pour le moment, seuls deux laboratoires sont activement impliqués dans la surveillance des variants au Sénégal. Il s’agit de l’Institut Pasteur de Dakar (IPD) et de l’IRESSEF (Institut de Recherche en Santé et de Surveillance Epidémiologique).
Ces laboratoires reçoivent des échantillons provenant de patients hospitalisés dans les différents CTE (Centres de Traitement des Epidémies) du pays et/ou de personnes voyageant au Sénégal. Une fois le diagnostic COVID posé, un échantillonnage est effectué selon des critères préétablis pour sélectionner les souches à séquencer. Les résultats du séquençage sont par la suite transmis au ministère de la Santé.
Il faut noter qu’à ce jour, aucun laboratoire du système public n’est impliqué dans cette surveillance des variants, ce qui est quelque part une anomalie. En équipant le laboratoire du CHNU de Fann, le projet AFROSCREEN va permettre de corriger cela.
Quel est le rôle du laboratoire de bactériologie-Virologie du CHNU de Fann dans cette surveillance ?
Le laboratoire de Bactériologie-Virologie de FANN a une triple vocation : le diagnostic, la formation et la surveillance épidémiologique.
Il se trouve dans l’un des plus grands hôpitaux du Sénégal, l’hôpital de FANN qui est un hôpital de niveau 3 qui dispose notamment d’un service d’infectiologie, le plus important du pays, et d’un service de pneumologie.
Depuis la mise en place du projet APHRO-CoV pendant l’épidémie de Covid, le laboratoire a reçu l’autorisation de faire les tests COVID par RT-PCR. C’est ainsi que les résultats des tests qui y sont effectués depuis maintenant un an sont quotidiennement transmis au ministère de la Santé qui les intègre dans son communiqué journalier.
Quel était l’objet de cette formation et que vous a-t-elle apporté ?
L’objectif de cette formation était de renforcer nos capacités de détection et d’analyse des mutations du SARS-CoV-2. Ceci passe par un renforcement de nos compétences en séquençage mais aussi en analyse bio-informatique des séquences.
Une restitution sera faite à notre retour au reste du personnel du laboratoire, afin de partager les connaissances acquises, ce qui renforcera de façon globale les capacités du laboratoire de Fann dans la surveillance des variants du SARS-CoV-2.
Nous saluons l’accueil chaleureux dont nous avons bénéficié à notre arrivée à Paris, l’intégration mais aussi les échanges intéressants que nous avons eu avec le personnel de l’unité de virologie du CHU Henri Mondor (AP-HP), notamment sur la façon de s’organiser une fois de retour chez nous. Nous espérons que de ce projet naitra une collaboration entre les pays impliqués comme le Burkina Faso et le Mali mais aussi avec le CHU Henri Mondor pour une meilleure surveillance des variants du SARS-CoV-2 en Afrique.
Comment le projet AFROSCREEN s’intègre-t-il dans le paysage du séquençage au Sénégal ?
Ce projet est très bien accueilli au Sénégal et plus particulièrement au CHNU de Fann où se trouve le principal service des maladies infectieuses du pays. Il s’inscrit dans la continuité du projet Aphro-CoV, qui a permis d’équiper le laboratoire de FANN pour qu’il puisse faire le diagnostic de la COVID-19.
Aujourd’hui, le projet AFROSCREEN va permettre une meilleure surveillance des variants dans le pays. Le laboratoire de Fann faisant déjà partie des laboratoires qui sont impliqués dans le diagnostic de la COVID-19 au Sénégal, les données du séquençage pour la détection des variants du SARS-CoV-2 viendront compléter celles qui sont déjà transmises chaque jour au ministère de la Santé.
L’accueil, le suivi et l’accompagnement des Dr. Diallo et de ses collègues burkinabés, maliens, et sénégalais tout au long de la formation dispensée par la plateforme génomique du CHU Henri Mondor, ont été assurés par Science Accueil, partenaire de l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes.
En savoir plus :
Une formation au séquençage organisée en Février 2022