Équipements et réactifs de laboratoire

Objectifs du projet

L’objectif principal du projet est que chaque pays soit doté des capacités de séquençage et d’une activité de routine de surveillance des variants.

Pendant la période de mise à disposition de ces équipements et techniques, les laboratoires sont accompagnés dans la mise en place d’un PCR de criblage qui permet la détection de multiples mutations du SARS-CoV-2, dont celles spécifiques au variant Omicron et qui aidera, par la suite, à la pré-sélection des échantillons à séquencer en priorité.

Le projet AFROSCREEN permet aussi la mise en place d’évaluation externe de la qualité des résultats de séquençage (et/ou criblage) obtenus par les différents laboratoires.

Le projet adapte les actions aux structures partenaires afin de générer une capacité pérenne de séquençage dans les pays, qui servira dans le futur pour l’identification de pathogènes émergents.

Avancées technologiques

Les avancées technologiques permettant le séquençage génomique en temps réel ont eu un impact considérable sur la santé publique et la réponse à la pandémie de Covid-19.

En effet, le partage des séquences du génome viral a permis l’identification rapide du nouvel agent pathogène, le SARS-CoV-2, et le développement de tests de diagnostic et de vaccins. Dans les pays où la technologie est disponible, le séquençage à grande échelle du génome permet aujourd’hui de suivre l’évolution du virus, d’identifier des chaînes de transmission, de concevoir des contre-mesures, voire de créer des nouveaux tests diagnostiques et vaccins adaptés aux variants. Néanmoins, cette technologie n’est pas uniformément disponible à niveau mondial et notamment le séquençage et la surveillance virologique sont encore limités en Afrique.

L’émergence en novembre 2022 du virus SARS-CoV-2 du variant Omicron a rappelé que des capacités de séquençage sont nécessaires au niveau national pour alerter le monde d’une menace potentielle.

Il est donc essentiel de créer ou de renforcer les capacités de séquençage et le système de surveillance génomique dans chaque pays.

Laboratoires du réseau AFROSCREEN

Au démarrage du projet en 2021, les laboratoires du réseau AFROSCREEN avaient des compétences et des capacités diverses.

Certains n’avaient, avant le début du projet, aucune possibilité de détecter les variants génomiques, d’autres étaient déjà des centres de référence à vocation régionale identifiés par les structures qui font autorité (OMS, CDC Afrique et OOAS).

Le projet AFROSCREEN a pris en considération les besoins spécifiques de chaque laboratoire et, en fonction de l’existant, de ses missions et des besoins identifiés, l’a renforce à travers l’achat d’équipements plus adaptés et des réactifs nécessaires, et la formation des équipes.

En 2025, les laboratoires du réseau AFROSCREEN possèdent des capacités renforcées pour la surveillance génomique grâce à un équipement adapté, incluant des plateformes de séquençage et des outils auxiliaires essentiels. Certains sont devenus des centres régionaux autonomes dans la détection et la caractérisation des pathogènes émergents.

Initialement centré sur le SARS-CoV-2, AFROSCREEN soutient depuis 2022 la surveillance de pathogènes à potentiel épidémique tels que le mpox, la dengue et les virus grippaux, en intégrant les principes de One Health pour une approche interdisciplinaire visant la compréhension des santés humaine, animale et environnementale.

Il y a aujourd’hui deux méthodes de détection des variants :

• La PCR de criblage, qui détecte les variants d’intérêt porteurs de mutations connues et permet d’obtenir des résultats dans un court délai (environ deux heures après extraction) et à un prix abordable.
• Le séquençage du génome complet, qui permet d’identifier les variants connus ou inconnus et de réaliser des études de phylogénie (identifier les liens épidémiologiques entre variants).
  Cette méthode est plus longue (environ trois jours) et plus coûteuse.