Genomic surveillance of dengue virus in Benin: A tool of public health decisions, Anges YADOULETON, LFHV/IRCB, Bénin

Dengue is a viral infection transmitted from mosquitoes to humans and more common in tropical and subtropical climates. In Benin, a West African country, the presence of Dengue virus type 3 in mosquito vectors has been reported, showing a high risk of human infection. Probable cases of dengue fever were described in 1987 among German humanitarian workers returning from Benin. In 2019, the first cases of dengue fever infection with serotype 2 in humans have been reported in Benin. Although the other serotypes have not yet reported, studies showed infection with serotypes 1 and 3 in travelers returning from Benin to France in 2019, and to Japan in 2010, indicating a probable presence of these serotypes in Benin. This study is part of the AFROSCREEN project which aims to carry out genomic surveillance of the SARS-CoV-2 virus, but also extended to other emerging pathogens, including dengue virus (https://www.AFROSCREEN.org/projet/).

Serum samples from four patients suspected cases for dengue infection were tested for dengue virus by real time quantitative polymerase chain reaction using dengue Altona 3.0 kit at the National Reference Laboratory Diagnosis of Viral Haemorrhagic Fever Viruses of Benin.
Moreover, the complete genome of positive samples was sequenced for phylogenetic analysis in order to know which serotype of dengue is circulating.

Of the four samples analyzed, three were positive for dengue virus and were sequenced. One patient was detected positive for serotype 1, and the two others were positive for serotype 3. Phylogenic analyzes show that the DNA sequence from the patient infected with serotype 1 is very close to that obtained in Nigeria in 2021 and the two sequences of serotype 3 are in the same clade as sequences from Burkina Faso in 2017, and Senegal in 2018, but is individualized separately.

We show for the first time, the dengue serotype 1 and serotype 3 infection in Benin in human blood. Benin being on the border with Nigeria, with an importantly migratory flow that can increase transmission. The Dengue type 3 virus was detected in Aedes aegypti in Benin and could explain the human infection. The two serotype 3 sequences found to be genetically different from that isolated from Burkina Faso and Senegal, but occurring in the same clade would indicate a truly different strain from existing ones. We speculate a particular mutation in our sequences, not yet observed or published in other countries
These results send a strong signal to health authorities and require that arbovirus surveillance effort must be integrated into pathogens monitoring programs




Le virus Lassa au Bénin : caractérisation génomique des isolats des cas positifs responsables des épidémies de 2023-2024, Anges YADOULETON, Achilles MASSOUGBODJI, LFHV/IRCB, Bénin

Endémique dans certaines parties de l’Afrique de l’Ouest, la fièvre Lassa est une zoonose associée à une maladie hémorragique aiguë et potentiellement mortelle causée par le virus Lassa avec plusieurs décès annuellement. Contrairement aux épidémies des années antérieures qui apparaissent en saison sèche au Bénin, le pays a connu en pleine saison pluvieuse de l’année 2023 plusieurs cas de fièvres hémorragiques à virus Lassa en milieu hospitalier dans les villes de Parakou et de Boko au Nord-Est du pays. Face une telle résurgence, la présente étude s’est intéressée à la caractérisation génomique des isolats pour une meilleure compréhension. Les échantillons diagnostiqués positifs à partir du kit Altona 2. 0 au Laboratoire de Référence des Fièvres hémorragiques Virales du Bénin (LFHV) ont été conservés à -20 degrés pour le séquençage à l’Institut de Recherche Clinique du Bénin (IRCB). Un séquençage du génome complet a été réalisé sur la plate-forme Illumina (ISEQ100) après un enrichissement viral par les sondes (comprehensive viral panel, Twist Bioscience). Le pipeline viral consensus genome de CZID, a été utilisé pour le contrôle de qualité, le filtre, l’alignement et l’assignation virale. Les nouvelles séquences sont alignées avec les séquences de références humaines disponible dans  Genbank pour les analyses phylogénétiques (PhyML). Sur 82 cas suspects en provenance de deux départements du Nord Bénin pendant la saison pluvieuse, 19 cas ont été diagnostiqués positifs à partir du kit Altona 2.0, tous étaient de long (L) fragment du virus Lassa. Le séquençage a été réalisé pour 9 échantillons. Les résultats révèlent des génomes complets de virus Lassa, et les analyses phylogénétiques montrent un lien très étroit avec les précédentes souches de lignée VII du virus Lassa isolées au Bénin. Ces résultats montrent que le Bénin à son propre réservoir du virus Lassa. Il urge à cet effet que les autorités sanitaires mettent l’accent sur la surveillance sanitaire de cette fièvre afin d’anticiper les épidémies.




Circulation du variant Omicron (B1.1.529) du SARS-CoV-2 dans la population générale de l’Ouest du Burkina Faso, en Afrique de l’Ouest, Yacouba SAWADOGO, CHU Souro SANOU, Burkina Faso

Introduction : Le variant Omicron (B1.1.529) du SARS-CoV-2 a été responsable d’une augmentation de l’incidence du COVID-19 dans le monde. Cette étude visait à étudier la circulation de ce variant dans la population générale du Burkina Faso.

Méthodologie : Il s’agissait d’une étude transversale descriptive menée de novembre 2021 à novembre 2022. Toutes les personnes ayant obtenu des résultats positifs à la PCR ont été testées avec le kit DI SARS-CoV-2 MOC/I Multiplex couplé au logiciel d’analyse Innovative Diagnostics DISoft™. Tous les participants chez qui un variant Omicron a été détectés ont été inclus.

Résultats : Deux cent vingt-cinq échantillons positifs pour le SARS-CoV-2 ont été analysés pour la détection du variant. Le variant Omicron a été trouvé à 83,94% définissant une population d’étude de 207 participants. Cent six étaient de sexe masculin. Leur âge variait de 2 mois à 83 ans avec un âge médian de 46,38±17,72 ans. La tranche d’âge la plus représentée était celle des 40-64 ans correspondant à 56,52%. Au total, 120 des 207 cas étaient des non suspects de COVID-19. Le plus grand nombre de cas de variant Omicron a été observé en janvier 2022.

Conclusion : Notre étude a révélé que le variant Omicron du SARS-CoV-2 peut se propager dans différents groupes d’âge, sexes et chez les patients asymptomatiques. Ces résultats fournissent des informations sur la dynamique de transmission des variants du SARS-CoV-2 et devraient être utilisés pour l’optimisation des futures mesures de santé publique ciblant le COVID-19 au Burkina Faso.




Surveillance génomique des variants du SARS-CoV-2 par la technique de séquençage Illumina au laboratoire de virologie du Centre MURAZ, Burkina Faso, Muriel de SOUZA, Centre MURAZ, Burkina Faso

La surveillance génomique du SARS-CoV-2 est essentielle pour détecter les variants, comprendre la transmission du virus. Elle joue un rôle clé dans la lutte contre la pandémie de COVID-19 et dans la prise de décisions éclairées en matière de politique de santé publique. Il est donc impératif de disposer de technologies de séquençage hautement performantes, adaptées aux ressources disponibles. Grâce au programme AFROSCREEN qui a pour but de renforcer la surveillance de l’évolution des variants, le séquençage par la technique Illumina a été implémenté au Centre MURAZ. Cette étude présente les premiers résultats de séquençage obtenus au laboratoire de génomique du Centre MURAZ.

La collecte des échantillons s’est déroulée de janvier 2022 à Avril 2024. Tous les échantillons dont les résultats de la PCR diagnostique étaient positifs avec une valeur du Ct gène E inférieur à 30 ont été séquencé. Le séquençage du génome complet a été réalisé avec le MiniSeq à l’aide du kit CovidSeq Assay (Illumina, Netherlands, Pays-Bas). Les analyse bio-informatique ont été réalisé sur la plateforme Docker.

Sur les 119 échantillons séquencés, 101 (84,87%) ont produit des séquences génomiques interprétables avec une couverture moyenne de 84,38%. Parmi ceux-ci, 56 (55,44%) ont produit des séquences de haute qualité avec une couverture d’au moins 90 % du génome du SARS-CoV-2. Les variant Omicron (99%) et Delta (1%) était retrouvé, avec une prédominance des lignées BA.2 (26,73) et XBB.1 (28,71).

Le séquençage des variants du SARS-CoV-2 est effectif au laboratoire de génomique du Centre MURAZ grâce au programme AFROSCREEN. Il a permis de mettre en évidence la circulation du variants omicron au Burkina Faso entre janvier 2022 et avril 2024. Cette technique mis en place devrait s’étendre à la surveillance génomique d’autres pathogènes d’intérêt.





Etude comparative des techniques de séquençages Illumina et Nanopore pour la détection des variants de SARS-Cov-2 au Centre MURAZ, Burkina Faso, Muriel de SOUZA, Centre MURAZ, Burkina Faso

Le séquençage de l’ADN a révolutionné le domaine de la génomique en permettant l’analyse détaillée des génomes et la compréhension des mécanismes moléculaires sous-jacents à diverses maladies. La vitesse de propagation du SARS-CoV-2 et l’émergence de ces variants qui ont des impacts sur la contagiosité, l’efficacité des vaccins, la sévérité de la maladie ou encore le diagnostic virologique ont conduit au développement des tests de diagnostic et des méthodes de séquençages. Dans le cadre du Projet AFROSCREEN, plusieurs méthodes de séquençage sont utilisées pour la surveillance des variants du SARS-CoV-2. Cette étude avait pour objectif de comparer les techniques de séquençage de Nanopores et Illumina pour la détection des variants de SARS-CoV-2 au Centre MURAZ au Burkina Faso.

L’étude s’est déroulée de janvier 2022 à décembre 2023 au Centre MURAZ. les prélèvements dont les résultats de la PCR étaient positifs avec une valeur de Ct inférieur à 30 pour le gène E ont été séquencés simultanément avec le MinION Mk1B de Nanopore en utilisant le kit Midnight ( Oxford Nanopore Technologies, Oxford, United Kingdom) , et  avec le MiniSeq de Illumina en utilisant le kit CovidSeq Assay (Illumina, Netherlands, Pays-Bas).

Sur  44 échantillons ayant fait l’objet de notre comparaison, 33 ont donné des résultats similaires pour les deux techniques de séquençage, tandis que 11 avaient des résultats  discordants. Deux échecs ont été enregistrés avec la technologie Nanopore. Pour la technologie Illumina la présence de variants recombinants a été notée, mais aucun échec n’a été observé.

Une bonne concordance a été observée entre les résultats de séquence obtenus par les deux techniques. Cependant, le taux d’échec généré lors du séquençage par la technologie Nanopore est plus important. Les deux techniques restent interchangeables en fonction de leur disponibilité et du contexte d’utilisation.






Mise en place d’une méthode de Fusion Haute Résolution (HRM)-multiplex pour le dépistage rapide des mutations de variants SARS-CoV-2 au Burkina Faso, Dramane KANIA, Centre MURAZ, Burkina Faso

Introduction : Depuis son apparition fin décembre 2019, le SARS-CoV-2 n’a cessé d’évoluer et de muter, entraînant la genèse de nombreux variants présentant des degrés variables d’infectiosité et de létalité. Dans ce contexte pandémique, le partage rapide des informations relatives aux séquences génomiques est essentiel. Cette étude, réalisée dans le cadre du programme AFROSCREEN, visait à mettre en place une technique de dépistage ouverte dans plusieurs pays d’Afrique, et à évaluer son utilité dans la surveillance de la circulation des variants du SARS-CoV-2 dans les populations.

Matériels et méthodes : Cette étude a été menée de janvier 2022 à novembre 2022 dans le cadre du programme AFROSCREEN qui implique plus de 20 laboratoires dans 13 pays africains. Dans le Centre MURAZ et le CHU de Sourô SANOU, toutes les personnes ayant un résultat PCR positif ont été testées avec le kit multiplex DISARS-CoV-2 MOC/I pour la détection des variants. Cet outil est une RT-PCR multiplex qui assure simultanément la détection du SARS-CoV-2 et la différenciation des principaux variants préoccupants et d’autres variants d’intérêts. Le logiciel associé DISoft™, basé sur l’intelligence artificielle, a été utilisé pour analyser et interpréter automatiquement les résultats. Une partie des variants détectés a été comparée aux résultats obtenus par séquençage.

Résultats : Un total de 8228 échantillons a été testé à l’aide de l’outil de dépistage dans les laboratoires du programme AFROSCREEN. Au Centre Muraz et à l’hôpital universitaire Sourô SANOU, les 622 échantillons positifs ont été soumis à un test de détection de variants et 316 variants connues ont été détectées. Au Centre Muraz, qui avait accès au séquençage, 82 échantillons positifs ont été séquencés et les résultats ont été comparés à la méthode de dépistage. Parmi les 82 échantillons, 32 des résultats étaient concordants (39,02%), 19 non détectés par le criblage (23,17%), 28 échecs par séquençage (34,15%), 3 non interprétables (3,66%).

Conclusion : L’utilisation du kit de RT-PCR-HRM multiplex a répondu aux besoins des laboratoires en fournissant des résultats rapides et fiables à un coût abordable. Cependant, le séquençage reste complémentaire pour étudier les échantillons dont les résultats de la PCR sont indéterminés et pour approfondir la caractérisation des variants.




Dynamique spatiotemporelle de la COVID-19 au Burkina Faso, Salissou ABDOU AHMED MOHAMED, Centre MURAZ, Burkina Faso

Introduction: la maladie à coronavirus (COVID-19) a affecté le Burkina Faso avec une grande disparité entre différentes localités du pays. L’objectif de cette étude est décrire la dynamique spatiotemporelle de la COVID-19 au Burkina Faso de 2020 à 2024.

Méthode : dans le cadre du projet AFROSCREEN nous avons réalisé une analyse secondaire des données de surveillance de la COVID-19 de la période de mars 2020 à mars 2024. Les données climatiques ont été téléchargées sur le site de l’Administration Nationale de l’Aéronautique et de l’Espace (NASA). Un modèle Bayésien hiérarchique spatiotemporelle pour identifier les facteurs de risque associés à la dynamique temporo-spatiale de la COVID-19 au Burkina Faso.

Résultats : Durant la période de l’étude au total 71175 cas suspects ont été enregistrés. Le taux de positivité était de 5,69% chez les 4049 cas confirmés, le sexe ratio homme femme est de 1,77. L’âge médian était de 39 ans (IIQ [28-51]). Le pic du nombre des cas était enregistré en 2021. IL existe une saisonnalité dans la distribution des cas dans le temps avec une tendance décroissante à partir de 2021. Les 5 premiers districts sanitaires avec plus des cas sont : Bogodogo (1236), Do (869), Basky (603), Dafra (422) et Boulmiougou (304).

Conclusion: cette étude a permis de mettre en évidence des localités les plus touchées. Des analyses complémentaires sont en cours pour identifier les facteurs climatiques, sociodémographiques associés à cette dynamique temporo-spatiale.




Surveillance des variants du SARS-CoV-2 au Burkina Faso, Dramane KANIA, Centre MURAZ, Burkina Faso

Introduction / contexte : Depuis la première émergence du SRAS-CoV-2 fin 2019, de nouveaux variants du virus continuent d’émerger, entraînant des changements dans la sévérité de la maladie, compromettant l’efficacité de la vaccination et des traitements. Conformément aux recommandations internationales pour la surveillance génomique des agents pathogènes, le Burkina Faso a mis en place un système national de surveillance des variants du SRAS-CoV-2 adapté à son contexte pour suivre la dynamique du virus dans le pays. Nous décrivons ici la mise en place de ce système.

Méthodes : Sous l’impulsion du Ministère de la Santé (MoH), l’ensemble des acteurs techniques et financiers a élaboré et adopté un guide national de surveillance des variants du SARS-CoV-2 au Burkina Faso. Il décrit l’organisation des prélèvements, le transport des prélèvements, le réseau des laboratoires, les moyens de diagnostic selon le plateau technique de chaque laboratoire, la bioinformatique, la gestion et l’exploitation des données.

Résultats : Le système de surveillance génomique du SRAS-CoV-2 au Burkina Faso a été intégré au réseau national des laboratoires de diagnostic du SRAS-CoV-2. Les échantillons sont prélevés dans les sites sentinelles, les centres de dépistage et les centres de prise en charge par niveau de soins et répartis dans les deux grandes villes du pays (Ouagadougou et Bobo- Dioulasso). Les échantillons positifs sont envoyés pour dépistage PCR aux laboratoires de référence affiliés. Le séquençage est réalisé au Centre MURAZ et au laboratoire du CHU Souro Sanou à Bobo- Dioulasso. L’analyse et le stockage des données de séquençage sont prévus sur le serveur de la plateforme bioinformatique de l’Université Joseph KI-ZERBO de Ouagadougou. La coordination est assurée par le laboratoire de référence sur la grippe qui partage les données aux niveaux national et international.

Conclusion : La surveillance des variants du SRAS-CoV-2 au Burkina Faso est bien conçue et intégrée dans la surveillance de routine de la maladie. Cependant, il doit être plus opérationnel en fournissant des réactifs et d’autres intrants de laboratoire pour effectuer davantage de séquençage et de partage de données. Aussi, elle doit évoluer vers la surveillance génomique des pathogènes de façon générale.




Renforcement des capacités de gestion, d’analyse et d’utilisation des données de surveillance intégrée des infections respiratoires au Burkina Faso : Expérience du projet AFROSCREEN, Isidore Tiandiogo Traoré, Centre MURAZ, Burkina Faso

Introduction  : Au Burkina Faso, malgré les similitudes dans la définition des cas de COVID-19, de syndrome grippal (SG) et d’infection respiratoire aiguë sévère (IRA), les activités de surveillance de ces maladies n’étaient pas intégrées. Dans le cadre du projet AFROSCREEN, nous avons effectué une analyse de situation et mis en œuvre plusieurs paquets d’activités pour intégrer la surveillance génomique du SRAS-CoV2 dans la surveillance nationale existante des infections respiratoires.

Méthodologies: D’avril 2021 à septembre 2022, l’analyse situationnelle a inclus une revue de la littérature, des entretiens individuels et des focus groupes avec les parties prenantes impliquées dans la surveillance des infections respiratoires au Burkina Faso.  Avec eux, 7 paquets d’activités ont été identifiés et mis en œuvre, dont  l’intégration de la surveillance sentinelle des cas de variants du SRAS-CoV-2 à la surveillance sentinelle des SG et le renforcement des capacités de gestion et d’analyse de ces données .

Résultats: Le projet a permis une augmentation du nombre de sites de surveillance sentinelle des infections respiratoires de 5 à 13, incluant des cliniques privées. Il a mis en place un flux d’échantillons biologiques permettant d’intégrer tous les tests (dépistage, diagnostic et génotypage) de la COVID-19, des SG et des IRAS sur le même échantillon. La base de données nationale COVID-19 a été adaptée pour prendre en compte les SG et IRAS.  Les capacités de saisie des données de surveillance en temps réel et d’analyse statistique avancées de ces données ont également été renforcées.  Le projet a aussi amélioré le nombre de cas investigués par les sites sentinelles

Conclusion: Ce processus d’intégration est constamment amélioré grâce aux leçons tirées des problèmes de mise en œuvre rencontrés. L’expérience est utilisée par le ministère de la santé pour intégrer la surveillance d’autres infections respiratoires, telles que le streptocoque pneumoniae




Évaluation du système de surveillance de la COVID-19 : cas des sites sentinelles de la surveillance des infections respiratoires au Burkina Faso, Bakary CISSE, Centre MURAZ, Burkina Faso

L’Organisation Mondiale de la Santé recommande un suivi et une évaluation régulière des systèmes de surveillance en santé publique pour maintenir la fiabilité des données utilisées dans l’élaboration des politiques sanitaires. Le projet ANRS/AFROSCREEN a donc réalisé une évaluation de base du système de surveillance de la COVID-19 sur les sites sentinelles des infections respiratoires au Burkina Faso de janvier 2022 à juin 2023.

Cette évaluation s’est concentrée sur l’utilité du système de surveillance et les neuf attributs du guide d’évaluation des systèmes de surveillance des Centres pour le Contrôle et la Prévention des Maladies des États-Unis : simplicité, flexibilité, qualité et exhaustivité des données, acceptabilité, sensibilité, valeur prédictive positive, représentativité, promptitude et stabilité. Chaque attribut a été évalué à l’aide d’indicateurs spécifiques, notés de 1 à 3 selon leur performance : 1 (performance faible), 2 (performance modérée), 3 (bonne performance).

Les points forts du système de surveillance de la COVID-19 au Burkina Faso étaient son utilité, sa sensibilité et sa promptitude. Cependant, la simplicité, la flexibilité et la stabilité nécessitaient des améliorations. Globalement, la performance du système a été évaluée comme modérée à bonne, car il répondait au problème de santé publique pour lequel il avait été établi, bien que certains problèmes affectent son efficacité. Le score moyen global de tous les attributs évalués était de 2,1.

Cette étude a offert un premier aperçu des performances du système de surveillance de la COVID-19 au Burkina Faso, fournissant des informations essentielles pour renforcer un système de surveillance intégré des pathologies respiratoires.

Mots-clés : Évaluation – Système de surveillance – COVID-19 – Burkina Faso




Évaluation sur le terrain d’un test de dépistage ouvert basé sur la PCR multiplex de criblage de mutations du SARS-CoV-2 par rapport au séquençage du génome viral entier, entre août 2020 et décembre 2022, à Yaoundé, Cameroun, Foudi Martin MAÏDADI, Centre de Recherches sur les Maladies Emergentes et Re-émergentes (CREMER), Cameroun

Contexte : Le séquençage du génome viral (WGS) est la référence en matière d’identification des variantes du SARS-CoV-2. Cette étude visait à évaluer l’utilité d’un test de dépistage ouvert basé sur la PCR de criblage de mutations du SARS-CoV-2 dans la surveillance génomique.

Méthodes : Les échantillons positifs au SARS-CoV-2 ont été testés avec le kit DICOV-MOC/I Multiplex pour la détection des mutations K417N, L452, E484, N501Y, P681H et del69/70. Les résultats étaient comparés aux données WGS.

Résultats : Au total,243 séquences obtenues avaient une bonne qualité WGS et des résultats de criblage de mutations. Le WGS a identifié 18 génotypes sauvages, 1 Alpha, 1 Beta, 60 Delta, 2 Eta et 161 variants Omicron. 155/161 (94,4 %) des variants Omicron ont également été identifiés par le kit DICOV-MOC, tandis que 47/60 (78,3 %) Delta et 6/18 (33,3 %) génotypes sauvages ont été correctement identifiés par DICOV-MOC.  Pour les variants Alpha, Beta et Eta, le petit nombre d’échantillons testés n’a pas permis de tirer de conclusion. L’analyse de sensibilité pour l’identification des mutations ciblées par ce kit a montré des sensibilités bonnes à moyennes pour les mutations K417N 93,23% (124/133) et L452 83,10% (59/71) ; faibles pour P681, 63,56% (143/225), médiocres pour E484, 6,84% (8/117) et N501Y, 5,50% (6/109).

Conclusions : Le génotypage par RT-PCR peut fournir des capacités supplémentaires de dépistage des variantes du SARS-CoV-2 lorsque le WGS n’est pas disponible. Cette approche pourrait également être utile pour le dépistage d’autres agents pathogènes importants pour la santé publique.





 Plateforme EWS-AFROSCREEN : Un Système Innovant pour la Surveillance et la Visualisation des Données dans le cadre du projet AFROSCREEN, Jules Brice  Tchatchueng Mbougua, Service d’épidemiologie et de santé publique, Centre Pasteur du Cameroun, Cameroun

La plateforme EWS-AFROSCREEN, développée dans le cadre du projet AFROSCREEN, grâce à la collaboration entre Data scientists du Pasteur Network, représente une avancée dans la gestion des données épidémiologiques et biologiques des infections respiratoires. Conçue pour améliorer la surveillance des infections respiratoires dans plusieurs pays, cette plateforme utilise une architecture de micro-services pour offrir des fonctionnalités robustes telles que la gestion des utilisateurs, la collecte de données agrégées, l’interopérabilité avec d’autres systèmes et la visualisation des données. Les utilisateurs peuvent facilement téléverser des données via des fichiers Excel, saisir des données directement dans le système, ou intégrer des données via une API. Le module de visualisation de données de la plateforme propose un tableau de bord dynamique qui affiche non seulement des informations globales de l’OMS mais aussi des analyses détaillées au niveau des pays et des sites sentinelles. Cette solution permet aux gestionnaires de données et décideurs de suivre en temps réel l’évolution des épidémies et d’améliorer les stratégies de réponse aux maladies. La plateforme EWS-AFROSCREEN est un outil essentiel pour la collecte de données précises et leur analyse stratégique, contribuant ainsi efficacement à la santé publique régionale et mondiale.




Amélioration de la détection et de l’identification des agents pathogènes à potentiel épidémique et de la réponse au Cameroun : projet AFROSCREEN, Mathurin Cyrille TEJIOKEM, Service d’Epidémiologie et de Santé Publique, Centre Pasteur du Cameroun, Cameroun

Dans le cadre de la mise en place du projet AFROSCREEN, le Centre Pasteur du Cameroun (CPC) s’est positionné sur les volets laboratoire et épidémiologie. Sur ce dernier, la surveillance sentinelle et l’investigation des cas d’infection par les variants du SARS-CoV-2 et leurs contacts familiaux a démarré respectivement en août et novembre 2022 dans sept sites sentinelles à Yaoundé (dont cinq déjà impliqués dans la surveillance de la grippe et deux nouvellement ouverts). Jusqu’en mars 2023, la diminution de la demande de dépistage du SARS-CoV-2 et du taux de positivité des tests a conduit à une réflexion au sein du Pasteur Network pour réorienter cette activité. De celle-ci est sorti un protocole de surveillance syndromique renforcée des cas d’infection respiratoire aiguë sévère par un VOI/VOC ou un autre pathogène d’intérêt confirmé (PCR, Kit multiplex fast track diagnostic respiratory pathogens, séquençage et métagenomie) ou suspecté sur la base des éléments épidémiologiques d’exposition à risque et leurs contacts familiaux. L’activité réorientée a démarré en décembre 2023 dans un des sept sites sentinelles disposant d’un plateau technique adapté en réanimation. A ce stade de sa mise en oeuvre au Cameroun, le projet AFROSCREEN a notablement contribué à la structuration de la surveillance avec l’amélioration des outils de diagnostic et de la prise en charge des patients, du renforcement de l’animation, et du partage de l’information avec l’espoir que l’évaluation prochaine de cette activité apportera encore plus d’éléments aux décideurs de santé publique pour soutenir son extension à l’échelle du pays et sa pérennisation.




Circulation précoce du variant Omicron du SARS-COV-2 en Côte d’Ivoire révélée par criblage rétrospectif des prélèvements des sites sentinelles du Projet AFROSCREEN, Stéphane Koffi, Unité de Biologie Moléculaire (UBMT), CHU de Treichville, Côte d’Ivoire

Contexte : Le SARS-COV-2 est un virus pandémie hypervariable responsable de la COVID-19. Plusieurs variants ont été identifiés dont Omicron. Découvert le 9 novembre 2021, il s’est distingué par un grand nombre de mutations.

Pour expliquer son origine, plusieurs hypothèses ont été proposées, notamment l’accumulation de mutations en circulant à bas bruit dans une zone géographique sans surveillance génomique.
En Côte d’Ivoire, la surveillance génomique n’a commencé qu’en 2022. Ce pays pourrait donc faire partie de cette zone. Et l’étude des variants qui y ont circulé pourrait contribuer à comprendre l’origine d’Omicron. Cette étude avait pour objectif d’identifier les variants du SARS-COV-2 circulant en Côte d’Ivoire avant la découverte d’Omicron.

Matériel et méthodes : Dans le cadre d’AFROSCREEN, une étude transversale a été réalisée du 1er mars au 6 avril 2024 au CHU de Treichville. Les prélèvements naso-pharyngés collectés avant le 9 novembre 2021 et testés positifs pour le SARS-COV-2 ont été criblés.
Les données ont été analysées à l’aide du logiciel EPI-Info 7.2.

Résultats : Au total, 149 échantillons correspondaient aux critères. De ceux-ci, 24,2% ont été criblés avec succès. Omicron représentait 33,3% des variants criblés.
Le premier échantillon duquel Omicron (B.1.1.529) a été détecté a été analysé le 19 octobre 2020 soit plus d’un an avant la découverte de ce variant.

Conclusion : Les résultats de cette étude sont compatibles avec l’hypothèse selon laquelle le variant Omicron serait apparu dans une zone géographique dans laquelle la surveillance génotypique ne permettait pas de suivre l’accumulation de ses mutations.




Distribution géographique des variants SARS-CoV-2 identifiés au Centre Hospitalier Universitaire de Treichville, Abidjan, Côte d’Ivoire de 2020 à 2023, Kobina Amandze Adams KOFI, Unité de Biologie Moléculaire (UBMT), CHU de Treichville, Côte d’Ivoire

Contexte : La pandémie de COVID-19 a posé des défis de santé publique à l’échelle mondiale avec l’émergence et la circulation des variants SARS-CoV-2. La surveillance de ces variants serait cruciale pour comprendre l’évolution de la pandémie et guider les interventions de santé publique. Ainsi, cette étude visait à analyser la distribution géographique des variants du SARS-CoV-2 identifiés au Centre Hospitalier Universitaire de Treichville sur une période de 3 ans.

Méthodes : Une étude observationnelle rétrospective à porter sur les échantillons de patients positifs à la COVID-19 collectés au CHU de Treichville entre 2020 et 2023. L’identification des variants a été réalisée à l’aide du kit DI SARS-CoV-2 MOC/I suivant la technologie qPCR-HRM et les informations géographiques ont été utilisées pour cartographier la répartition des variants dans la région d’Abidjan. L’analyse des données a été effectuée à l’aide du logiciel Rstudio 4.2.1. 
Résultats : Sur les 2894 échantillons collectés, 24% étaient positifs pour le SARS-CoV-2. Parmi ceux-ci, 420 ont été criblés, dont 283 (67%) ont fourni des résultats interprétables. Selon une analyse géographique, l’épicentre était localisé au Centre-Est de la région associée à une prédominance du variant Omicron parmi les 274 (97%) variants identifiés.

Conclusion : Cette étude souligne l’importance de la détection précoce et de la surveillance continue des variants pour guider les stratégies de santé publique. Des études supplémentaires, notamment sur l’analyse des génomes, sont nécessaires pour comprendre pleinement les implications des variants et autres pathogènes émergents dans la région et dans tout le pays.




Surveillance sentinelle du SARS-CoV2 dans le cadre du projet AFROSCREEN à Abidjan -Côte d’Ivoire de juin 2022 à décembre 2023 : Mise en place, suivi et résultats, Yao Me Raphael  Amani, Unité de Biologie Moléculaire (UBMT), CHU de Treichville, Côte d’Ivoire

Contexte
La surveillance génomique constitue un pilier important dans la gestion de la pandémie du SARS-CoV-2. L’objectif de ce travail était de mettre en place des sites sentinelles avec l’appui du projet AFROSCREEN pour détecter et caractériser précocement les infections par les variants du virus afin de réduire leur propagation et leur impact sur les populations.

Méthodes
Une surveillance sentinelle des cas de Covid-19 concernant sept hôpitaux issus de cinq Districts sanitaires d’Abidjan a été mise en place. Les cas suspects identifiés à partir d’une définition de cas, faisaient l’objet d’un prélèvement nasopharyngé après collecte des données via une fiche épidémiologique. Les échantillons ont été analysés par RT-PCR classique et RT-PCR de criblage pour les cas positifs. Les données ont été analysées à l’aide du logiciel R version 4.3.2.

Résultats
 Au total 536 personnes ont été enrôlées dont 56 % de sexe féminin avec un âge médian de 33 ans (IQR 23- 41). Quatre-vingt-dix cas positifs (16,8 %) ont été identifiés. La majorité de ces cas confirmés (35,6 %) provenait des sites du District sanitaire de Cocody-Bingerville. Seul le variant Omicron a été détecté et le sous-type XBB était le plus fréquent (44.4 %). Cependant, aucune association statistiquement significative n’avait été retrouvé entre le résultat du test et le sexe (p=0.75) et les signes cliniques (toux p=0.18 et la dyspnée p=0.157).

Conclusion
La circulation du SARS-CoV2 reste d’actualité. Elle est actuellement due aux sous types d’Omicron. Le maintien d’un tel système reste essentiel pour suivre l’évolution locale du virus.




Analyse descriptive des données globales du projet AFROSCREEN, Julien POUBLAN, Université de Bordeaux, France

Dans le cadre du projet AFROSCREEN, il était prévu de « Faire une analyse descriptive (en terme de temps, lieu, personne) des cas de variants du SARS-CoV-2 déclarés par les laboratoires à l’échelle nationale et des 13 pays de l’étude ». Ce poster propose de répondre au mieux à cet objectif en présentant les données agrégées (recueillies par le biais du tableau déposé sur RESANA), ainsi que les données individuelles dont le groupe de coordination EPi dispose actuellement (quelques pays uniquement à l’heure actuelle).




Genetic diversity and spatio-temporal evolution of SARS-CoV-2 variants in Guinea, Thibaut Armel Chérif GNIMADI, Centre de recherche et de formation en infectiologie de Guinée (CERFIG), Guinée

In Guinea, with the support of the AFROSCREEN project, genomic surveillance has been established to generate sequences and identify locally circulating variants. This study aims to describe the distribution, genetic diversity, evolution, and origin of SARS-CoV-2 lineages circulating in Guinea during the pandemic of COVID-19.

We perform introduction analysis by selecting all high-quality sequences generated in Guinea for each variant of concern and merged it with the background data retrieved from GISAID on December 17th, 2023. We infer time-scaled phylogenetic, and phylogeographic reconstruction using IQ-TREE v2.2.6 and Treetime v0.11.2.

From March 2020 to December 2023, 1038 sequences were generated in Guinea and submitted to GISAID database. 73.12% corresponded to variants of concern including (Omicron 69.39%, Delta 21.90%, Alpha 6.60%  and Eta 2.11%). Others variants accounted for 26.88%. 873/1038 (84.2%) of sequences were obtained from Conakry patients, 15.7% from the rest of the country.  Mutational analysis showed that the majority of mutations were located in the spike protein region (S) followed by the ORF1a and nucleocapsid (N). The most frequent mutations were D614G, P314L, P681H, T478K, and N501Y. Of the total number of VOC (Alpha, Delta, Eta, BA.1, BA.2, BA.5, XBB) and B.1 analysed, 106 were imported into Guinea from different countries around the world. The majority (34.29 %) came from European countries, followed by Africa (28.57%) and Asia (18.10%).
Genomic surveillance has revealed the diversity of SARS-CoV-2 variants circulating in Guinea, helped to understand the dynamics of the pandemic, and contributed to the implementation of vaccination and response strategies.




Plateforme du séquençage à l’Institut Pasteur de Guinée, Fatoumata CISSE, Institut Pasteur de Guinée, Guinée

Avec l’avènement de l’épidémie COVID, l’IPGui a été impliqué dans le diagnostic et le suivie de patients qui a saturé les capacités du laboratoire. Initialement les échantillons diagnostiqués positifs à l’IPGui de mars 2020 à juillet 2021 ont été envoyé à l’IP de Dakar pour le séquençage.
Suite à la formation du personnel par la CIBU (IP Paris) sur l’utilisation du MinION en mars 2021, le séquençage à l’IPGui proprement dit a débuté fin 2021 initialement uniquement pour caractériser les variants COVID. Depuis mi-2022, l’Institut Pasteur de Guinée dispose de deux plateformes de séquençage, l’une basée sur la technologie Oxford Nanopore sur le MinION, et l’autre sur la technologie Illumina avec un iSeq 100, toutes deux financées par AFROSCREEN.

Parallèlement au suivie des variants de SARS-CoV-2 dans les échantillons nasopharyngés et dans les eaux usées, le séquençage a été étendue à d’autre virus d’intérêts en santé publique soit les virus de la rougeole, de la rubéole, de la rage et de l’hépatite E chez l’homme et chez l’animal.

Enfin la plateforme participe au génotypage des micromammifères en séquençant le cytochrome B pour des programmes « One Health » de caractérisation des risques d’émergences de nouveaux (ou anciens) virus pathogènes en Guinée.

En conclusion, le suivie des variants COVID par séquençage dans le cadre du projet AFROSCREEN nous ont permis d’acquérir l’expertise nécessaire à la réalisation expérimentale sur les deux plateformes, l’optimisation des procédures et leur adaptation à différentes questions de recherche ainsi que les bases de bio-informatique pour comprendre le fonctionnement des pipelines et l’analyse des séquences obtenus par analyse phylogénétique.




Analyse comparative des techniques de criblage et de séquençage pour la détection des variants du SRAS-CoV-2 en Guinée, Haby DIALLO, Centre de recherche et de formation en infectiologie de Guinée (CERFIG), Guinée

Contexte : Le test RT-PCR est la méthode de référence pour le diagnostic de l’infection à SRAS-CoV-2. Il joue, avec le séquençage, un rôle majeur dans la détection et la surveillance des mutations importantes qui sont à l’origine de l’apparition de nouveaux variants du virus. Nous avons comparé les résultats du test d’analyse des courbes de fusion (RT-qPCR/HRM) au séquençage Illumina pour la détection des variants du SRAS-CoV-2.

Matériel et méthodes: Les analyses ont été réalisées au laboratoire du Centre de recherche et de formation en infectiologie de Guinée. Les échantillons positifs au SRAS-CoV-2 ont été criblés en utilisant le Kit Innovative Diagnostic, ciblant les mutations N501Y, E484K/Q, K417N, L452R/Q, DEL6970 et P681H/R. Puis le séquençage du génome entier a été effectué en utilisant la plateforme Illumina Iseq100. Les résultats des deux méthodes ont été comparés.

Résultats : Notre comparaison porte sur 239 échantillons criblés et séquencés. Le criblage a ressorti des résultats interprétables pour 218 échantillons. Après séquençage, 180 échantillons présentaient une couverture >= 70. Le nombre d’échantillons criblés interprétables et ceux présentant une bonne couverture (sup. ou égale à 70) au séquençage était de 161. Sur ce total, 132 échantillons criblés ont abouti à l’identification d’un variant soit une concordance de 82% avec les résultats de séquençage et une valeur prédictive positive à 80%.

Conclusion : La méthode de criblage a permis de suivre l’évolution des variants circulants en l’absence de sous-typage du variant avec le séquençage. Ce qui en fait un outil important pour la surveillance génomique du SRAS-CoV-2.




Séquençage du génome complet du virus de la Rougeole en Guinée 2022-2024., Reine Salomé ANGUINZE YEGBIA, Institut Pasteur de Guinée, Guinée

La Rougeole maladie infectieuse causée par un virus de la famille de Paramyxoviridae du genre Morbillivirus, première cause de mortalité infantile malgré l’existence d’un vaccin reste un défi majeur. En 2022 au total, 9 millions de cas et 136 000 décès, principalement chez les enfants, ont été signalés selon l’OMS et 33 millions d’enfants n’ont pas reçu de vaccin contre la rougeole. Le taux mondial de couverture vaccinale de la première dose était de 83 %, loin du seuil de 95 % nécessaire pour prévenir les épidémies.

Dans ce contexte de résurgence des épidémies de rash rougeoleux, la Guinée a recensé plus de 6000, 13000 et 23000 cas en 2020,2021,2022 respectivement . Une étude récente au dispensaire St Gabriel a montré une couverture vaccinale très faible (66,5%) chez les enfants de moins de 5 ans dans la commune de Ratoma à Conakry . En dehors du déficit de vaccination, de tels chiffres amènent à s’interroger sur les souches de virus responsables de ces épidémies de rash rougeoleux et sur l’efficacité et l’extension réelle des campagnes vaccinales réalisées en avril 2022 pour prévenir les prochaines réémergences. Ce travail a pour objectif d’identifier et conserver une traçabilité des souches virales Rougeole responsables des rebonds épidémiques (génome entier) en Guinée.

Nous disposons des échantillons positifs obtenus par une méthode économique robuste et non invasive de diagnostic sur les prélèvements de salive (Anguinze RS et al.,2024). Ils proviennent essentiellement du dispensaire Saint Gabriel. Pour le séquençage complet du virus avec la méthode MinION (ONT), nous avons optimisé un jeu d’amorces spécifiques avec PrimalScheme pour obtenir des fragments environ 1 Kb, couvrant aussi la zone hypervariable du virus.
A ce jour, 31 séquences intégrales du virus de la Rougeole sont disponibles incluant la période post-épidémique de 2023 et le rebond de 2024. La couverture moyenne est supérieure à 98,23 % avec une profondeur variant de 5,899.328 à 23,347. L’analyse phylogénétique des séquences confirme une circulation du génotype B3 de la rougeole de 2022 à 2024 avec un certain nombre de cluster. En conclusion, la circulation continue de la rougeole chez les enfants en Guinée appelle au renforcement de la vaccination. L’ étude des marqueurs de pression de sélection est en cours.




Surveillance du SARS-CoV-2 en 2022-2024 dans les eaux usées de Conakry, Guinée, Yann Le pennec, Institut Pasteur de Guinée , Guinée

La République de Guinée, en Afrique de l’Ouest, fait face à d’importants défis de santé publique en raison de son système de santé aux ressources limitées. La pandémie de Covid-19 a mis en évidence l’importance de la surveillance des eaux usées comme solution économique pour suivre le SARS-CoV-2.

Contrairement à l’Europe, qui dispose de stations d’épuration centralisées, en Guinée le réseau d’eaux usées est souvent limité et endommagé. Notre étude visait à démontrer la faisabilité du suivi du SARS-CoV-2 dans les eaux usées guinéennes.

Depuis janvier 2022, nous prélevons de l’eau sur 10 sites, comprenant les fosses septiques d’un hôpital et les bassins collecteurs des différents réseaux à Conakry. En optimisant les méthodes d’extraction et de détection par qPCR, nous avons analysé 350 échantillons entre 2022 et 2024. Bien que principalement qualitative, la détection du SARS-CoV-2 a suivi les fluctuations du taux de positivité des tests dans la population. Contrairement au nombre limité de tests effectués en population à partir d’avril 2023, l’analyse des eaux usées a révélé une présence significative de SARS-CoV-2.

Le séquençage avec la plateforme Minion et Illumina Iseq 100 a permis de génotyper le SARS-CoV-2 dans les eaux usées. La profondeur de séquençage et le taux de couverture sont liés à la charge virale apparente (Ct), mais avec de grandes variations en fonction des dates et des génotypes en cause. À une exception près, les génotypes observés dans les eaux usées sont simultanément observés dans les prélèvements nasopharyngés.




Appel à la poursuite de la surveillance génomique des agents pathogènes émergents et réémergents dans le contexte de la fin du COVID-19 en Guinée, Jean-Jacques Olivier  KADIO, Centre de recherche et de formation en infectiologie de Guinée (CERFIG), Guinée

Objectif 
L’objectif de cette étude est d’alerter les acteurs de la santé publique sur la nécessité de maintenir la surveillance des pathogènes émergents et ré-émergents dans le contexte de la fin du COVID-19.

Méthodes
Il s’agissait d’une étude utilisant une approche de surveillance sentinelle qui s’est déroulée dans des structures sanitaires (sites sentinelles) de la ville de Conakry identifiés dans le cadre du projet AFROSCREEN. Les personnes (adultes ou enfants) suspects de l’infection par le SARS-CoV-2 ont été interrogées et prélevés à l’aide d’écouvillons nasopharyngés entre Octobre 2022 à Avril 2024. Les échantillons nasophayngés  ont été analysés au laboratoire de virologie du Centre de Recherche et de Formation en Infectiologie de Guinée (CERFIG).

Résultats 
Au cours des mois de décembre 2023 et janvier 2024, 135 écouvillons nasopharyngés ont été prélevés et testés, dont 15 cas positifs, parmi lesquels 4 ont été séquencés par séquençage de nouvelle génération (NGS). Les résultats du séquençage de ces quatre échantillons positifs a révélé le sous-variant Omicron Pirola BA.2.86. L’âge médian était de 30 ans (IQR : 22-58), et le plus grand nombre était âgé de 15-50 ans (56%) et de 51-93 ans (28%). Les symptômes les plus fréquents étaient la toux (94 %), les frissons (93 %), les céphalées (75 %) et la fièvre (72 %). Les autres symptômes comprenaient l’asthénie (55%), l’asthralgie (36%), l’anosmie (32%), l’âgisme (32%) et la dyspnée (30%). Les antécédents médicaux les plus fréquents étaient la tuberculose (16 %), l’hypertension (13 %) et le diabète (6,6 %). Parmi les suspects, 38 % avaient été vaccinés. En ce qui concerne les caractéristiques de l’exposition, 63 % des individus avaient été en contact avec des personnes présentant des symptômes similaires. Par ailleurs, 21 % des personnes ont participé à des rassemblements de masse. En ce qui concerne la gravité de la maladie, plus des deux tiers des patients présentaient une maladie modérée et 8,3 % une maladie grave. Les valeurs médianes des seuils de CT étaient de 29,60 (IQR : 19-33,9) pour le gène E et de 28,80 (IQR : 18,95-34,65) pour le gène N. L’analyse a révélé deux groupes pour nos séquences, ce qui montre qu’il y aurait eu deux introductions différentes. Nos séquences sont proches de la souche SARS-CoV-2 Pirola de Hongrie et de Russie en Europe et de Chine en Asie.

Conclusion 
La découverte des sous-lignées du variant Pirola BA.2.86 en Guinée et les prévisions de sa progression en Afrique nécessitent une attention particulière à ce sujet et à la vigilance des systèmes de surveillance épidémiologique de nos pays face à cette menace pour la santé publique.




La surveillance de la circulation du SARS-CoV-2 chez les cas d’infections respiratoires aigües sévères (IRAS) à Antananarivo Madagascar, Rila Ratovoson, Institut Pasteur de Madagascar, Madagascar

A Madagascar, la COVID-19 a atteint plus de 68 000 cas entre 2020 à 2024. Bien que certains variants aient bien diffusé, l’émergence de nouvelles mutations était à craindre et nécessite de renforcer la surveillance pour alerter sur les nouvelles caractéristiques épidémiologiques et les nouveaux risques des variants afin d’affiner les réponses à apporter pour contrôler leurs diffusions. L’objectif général du volet épidémiologique du projet AFROSCREEN est de décrire les principales caractéristiques cliniques, épidémiologiques et virologiques des cas d’infection par les variants du SARS-CoV-2 (VOI/ VOC) détectés afin d’éclairer l’élaboration et la mise à jour des orientations de santé publique pour gérer les cas et réduire la propagation et l’impact potentiel des variants sur les populations. Une surveillance sentinelle et une étude de leurs transmissions dans le cadre familial ont été réalisées. Les centres hospitaliers universitaires Anosiala, Befelatanana et Soavinandriana sont impliqués dans la surveillance chez les cas IRAS. L’étude prospective visant à investiguer les cas primaires et leurs contacts intradomiciliaires était proposée aux cas confirmés quand ils répondaient aux critères d’éligibilité. De juillet 2022 à février 2024, 1107 cas d’IRAS ont été prélevés dont 45 (4,2%) étaient positifs au COVID-19 ; 4 cas primaires et 17 contacts familiaux ont été inclus. Les séquençages réalisés ont montré la circulation des sous-variants d’Omicron. Malgré les défis rencontrés dans la mise en place du projet AFROSCREEN, les résultats contribueront à fournir aux autorités sanitaires nationales un socle d’informations pour conduire les stratégies de prévention et de lutte contre une épidémie.  




Etude de la Diversité des Variants SRAS-CoV-2 par la RT-PCR de Criblage au Mali, Rabiatou SANOGO, INSP, Mali

Introduction : L’épidémie de COVID-19 a débuté au Mali en Mars 2020. Le séquençage du SRAS-CoV-2 indispensable pour la surveillance moléculaire nécessite un plateau technique et de la ressource humaine formée. La RT-PCR de criblage offre une alternative simple pour l’identification des variants. L’objectif de cette étude est de déterminer la diversité des variants du SRAS-Cov-2 circulant au Mali par la RT-PCR de criblage.

Méthodologie : Il s’agit d’une étude transversale qui s’est déroulée de novembre 2021 à Janvier 2022 portant sur des échantillons positifs de ct inférieur à 33. Il repose sur la détermination de 8 mutations prédictives de variant sur le gène S par la technique de courbe de fusion. Le DI SARS-CoV-2 MOC/I Multiplex (CE-IVD) a été utilisé et les résultats ont été interprétés sur le logiciel DISoft™ 3.0.0 développé à cet effet.

Résultats : Sur 295 échantillons positifs, 5 types de mutations prédictives de variant ont été détectés notamment K417N, P681H/R, L452R/Q, N501Y, E484K/Q correspondant essentiellement aux variants Omicron (48,8%) et Delta (30,5%). D’autres profiles de mutations non attribuables à un variant ont été retrouvés chez 14,2 % des cas.

Conclusion : Cette étude a révélé que la RT-PCR de criblage permet la détection prédictive des variants et peut être utilisée en alternative dans la surveillance au niveau régional.




Diagnostic moléculaire des pathologies respiratoires d’origine virale sur les prélèvements nasopharyngés au laboratoire du CHU-Point G, Drissa Koné, Laboratoire, Hôpital Point G, Mali

Introduction : Les étiologies des pathologies respiratoires infectieuses sont extrêmement variées et comprennent les bactéries, les virus et les champignons. L’intérêt de ce travail était de diagnostiquer certains pathogènes viraux responsables par des méthodes moléculaires.

Méthodologie : Il s’agissait d’une étude rétrospective et analytique allant de décembre 2021 à novembre 2022 sur 91 patients au laboratoire du CHU Point G.
Des échantillons nasopharyngés SARS-Cov 2 positif ont été inclus sur lesquels une nouvelle extraction suivie d’amplification ont été réalisées

Résultats : Le sexe masculin était dominant avec 53,8%. La majorité avait un âge > 50 ans soit 50,5% avec une 48,36 ± 20,83 ans et des extrêmes de 1 et 85 ans. Les résidents à Bamako représentaient 56%. Les professions les plus représentées étaient les élèves et les fonctionnaires avec respectivement 12,1% et 11%. La majeure partie des patients (49,5%) provenaient du centre de Tri de l’hôpital. Les signes fonctionnels les plus fréquents étaient la toux (25,3%), la fièvre (14,3%), la rhinorrhée (11%) et la dyspnée (9,9%). Les échantillons restestés étaient positif (100% SARS-Cov 2) avec 6,6% de coinfections avec l’Infuenza virus. Les virémies (CT moyens) de SARS-COV-2 et influenza virus étaient 29,5 ± 5,3 et 34,4± 3,3

Conclusion : Lors de l’épidémie du coronavirus plusieurs autres virus respiratoires auraient également circulé et causé des complications. Une autre étude serait nécessaire pour mieux étayer cette question





Contribution of the Afroscreen project in the implementation of genomic pathogens surveillance in Niger, Adamou Lagare, CERMES, Niger

Whole genome sequencing has been beneficial for public health surveillance in identifying outbreaks and improve early detection of emerging infectious diseases. In Africa, the COVID-19 pandemic has boosted sequencing capacity, thus, allowing many countries to implement this novel approach. In Niger Republic, pathogen sequencing strategy was initiated in 2021 to monitor the SARS-CoV-2 variants evolution through samples shipment to collaborating reference laboratories under the REPAIR project. However, since 2022, local capacity on sequencing and bioinformatic was supported by the Afroscreen project allowing to improve staff knowledge, rehabilitation of the genomic platform and acquisition of reagents and equipments. For instance, a total of 138 SARS-CoV-2 genomes were sequenced and deposited on GISAID. Furthermore, in collaboration with IP Dakar, other emerging pathogens including dengue virus and hepatitis E virus were also sequenced. These data were essential to inform public health authority for appropriate control measures




Identification of the SARS-COV-2/XBB.1.5 sublineage among indigenous COVID-19 cases through the influenza sentinel surveillance system in Niger, Adamou Lagare, CERMES, Niger

The emergence of the Omicron variant in November 2021, has caused panic worldwide due to the rapid evolution and the ability of the virus to escape the immune system. Since, several Omicron sublineages (BA.1 to BA.5) and their descendent recombinant lineages have been circulating worldwide. Furthermore, in December 2022, a new Omicron subvariant XBB.1.5 characterized by an unusual mutation in the spike protein evolved in the United States and rapidly spread to the other continents. Our study reports on the first cases of XBB.1.5 sublineage among indigenous Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-COV-2) positive cases detected through the influenza sentinel surveillance system in Niger. All influenza suspected cases were tested for both influenza and SARS-COV-2 using the Centre for Disease Control and prevention (CDC) Influenza SARS-COV-2 Multiplex quantitative Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction (qRT-PCR) Assay. SARS-COV-2 positive samples with cycle threshold ≤28 were selected for whole genome sequencing subsequently using the Oxford Nanopore Midnight protocol with rapid barcoding on a MinIon MK1B device. A total of 51 SARS-COV-2 positive samples were confirmed between December 2022 and March 2023. We successfully obtained 19 sequences with a predominance of the XBB.1/XBB.1.5 sublineages (73.7 %). In addition, a recombinant XBD sequence was also first-ever identified in early March 2023. Our findings support the need to strengthen the influenza sentinel surveillance for routine Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) surveillance and SARS-COV-2 variants monitoring in Niger.




Surveillance épidémiologique du SARS-CoV-2 en milieu communautaire et hospitalier à Niamey, Niger, Ramatoulaye HAMIDOU LAZOUMAR, CERMES, Niger

Introduction : La surveillance épidémiologique en milieu communautaire et urbain permet la recherche active des cas et la mise en place des mesures préventives pour protéger l’entourage du patient.

Méthodologie : Le réseau de surveillance était constitué de six sites sentinelles dont cinq en milieu communautaire, les Centres de Santé Intégrés (CSI) et un en milieu hospitalier, Hôpital National de Niamey (HNN). La surveillance s’est déroulée de juillet 2022 à Mars 2024. Les patients consentant, présentant des signes cliniques en faveur de Covid-19 étaient inclus. Les caractéristiques sociodémographiques, ATCD et signes cliniques ont été collectés. Prélèvements nasopharyngé et sanguin avaient été effectués. Si PCR positive, un suivi intrafamilial a été effectué. La saisie, les analyses descriptives, bi variées et multi variées avaient été effectuées respectivement sur Excel et Rstudio. Le seuil de significativité de 5% était retenu.

Résultats : 947 sujets avaient été inclus. PCR était positive dans 1.47%. HNN (56,17%), les CSI recasement (16.47%) et Banga Bana (12.13%) avaient notifiés plus de cas suspects de Covid-19. Tranche d’âge 15-50 ans 53.54% était prédominante. Sexe masculin représentait 55,97%. La toux (80.04%), dyspnée (46.25%), fièvre (44.46%) et céphalées (38,01%) étaient plus fréquentes. Les positifs étaient plus fréquents chez les patients de 0-5 ans, 5-15 ans et les plus de 50 ans. Des corrélations étaient observées entre les vomissements (p=0.007), perte d’appétit (p=0.04), cancer (p=0,0009) et la positivité à la Covid-19.

Conclusion : La transmission de la Covid-19 est faible à Niamey. Les symptômes associés sont les vomissements et la perte d’appétit.




Défis de la décentralisation et Bilan de la surveillance génomique du SARS-Cov2 dans la province du Lualaba, Prince AKIL, INRB, RDC

Objectif :
Au début des années 2020, une maladie infectieuse émergente majeure de type zoonose virale causée par la souche de coronavirus SARS-CoV-2 (Covid-19) est une pandémie. De nombreux variants apparus successivement depuis le début de la pandémie compliquent le tableau, concernant notamment les risques de réinfection et l’efficacité à terme des différents vaccins.
La République Démocratique du Congo (RDC) a enregistré son premier cas de COVID-19 le 10 mars 2020. La décentralisation du diagnostic moléculaire ayant pris du temps, les premiers cas de COVID-19 de la province de Lualaba ont été enregistrés 3 mois plus tard, soit le 25 juin 2020 avec comme épicentres les zones de santé de Dilala et celle de Fungurume. Au fil du temps, la province qui est l’une des portes d’entrée principales du Sud a connu une montée vertigineuse des cas de COVID-19.
Il a fallu passer en revue les performances qualitatives obtenues dans le système mise en œuvre dans le cadre de la riposte de Covid-19 qui a eu à bouleversé le système mondial.

Matériels et Méthodes :
Les échantillons ont été recueillis chez des patients répondant à la définition des cas selon l’OMS, puis envoyés au laboratoire pour le diagnostic moléculaire par RT-PCR. Les échantillons positifs ayant un CT <30 ont été séquencé sur la plate-forme Illumina (protocole Covidseq) et Nanopore (protocole midnight). Les séquences obtenues grâce aux pipelines Artic et GeVarLi ont été soumises sur nextclade et pangolin pour l’assignation de lignées.

Résultats :
Depuis 2021 à ce jour, un total de 155 échantillons l’INRB a réceptionné au total 115 échantillons de Sars-cov-2 en provenance de la province du Lualaba dans le cadre de la surveillance génomique et une équipe de l’INRB est descendue à Lualaba en janvier 2023 pour la prise de la main de l’équipe local et le séquençage de 40 échantillons positifs a été fait. Jusqu’à ce jour pour la surveillance Sars-Cov2 au Lualaba 101 cas (65%) étaient de sexe masculin et 54 cas (35%) de sexe féminin. La moyenne d’âge était de 33ans. Tous ces échantillons étaient des swab.
Après le séquençage les différentes analyses bio-informatique ont été faites avec le pipeline Artic-Wrapper pour la plateforme Nanopore et Gevarli pour la plateforme Illumina. Ces derniers nous révèle les différents variants couvre cette région :
Omicron à 64%
Alpha à 17%
Delta à 15%
Beta à 4%

Conclusion :
Le séquençage génomique est un moyen qui a beaucoup aidé pour la surveillance mais aussi pour la riposte à la Covid 19, la disponibilité des réactifs et consommables sont d’une grande importance pour réponse à temps réel, il faut aussi l’équiper les personnels qui sont à Lualaba.




Bilan de la surveillance génomique de la pandémie de SARS-CoV-2 en République Démocratique du Congo, défis et perspectives, Prince AKIL, INRB, RDC

Objectifs : Depuis décembre 2019, le monde a été bouleversé par l’émergence du SARS-CoV-2 qui s’est répandu au travers de toute la planète. Très vite, la publication de la première séquence a permis la caractérisation de la souche et la mise en place des vaccins et thérapies. En RDC, le premier cas a été confirmé le 10 mars 2020 et la première séquence rendu publique 2 semaines plus tard. Au cours de la pandémie à Covid-19, l’émergence des variants d’intérêt a rendu nécessaire la poursuite et l&#39;intensification de la surveillance génomique. Ce travail nous a permis donc de discuter du rôle du séquençage du génome entier pour appuyer la réponse à la pandémie et décrire la relation entre les mutations et les lignées des variants préoccupants/d’intérêt du SRAS-CoV-2

Méthodologie : les échantillons d’écouvillons nasaux ont été prélevés dans le cadre de la surveillance tant chez les patients cas suspects, que chez les voyageurs. La confirmation s’est effectuée au laboratoire des virus respiratoires de l’INRB. Les échantillons positifs avec valeurs de CT inférieurs à 30 ont été systématiquement séquencés au laboratoire de génomiques de pathogènes. Le séquençage ciblé s’est effectué sur la plate-forme Illumina avec les kits Nextera DNA prep ou covidSeq et la plate-forme Nanopore avec les kits midnight. Les analyses bio-informatiques étaient fonction des plateformes et intégraient soit le pipeline consensus fasta et Gevarli pour Illumina et Artic pour Nanopore. L’assignation des lignées s’est effectuée grâce aux logiciels Pangolin et Nextclade et les génomes avec couverture supérieure à 80% ont été soumises sur Gisaid.

Résultats : La surveillance génomique a permis de détecter différents variants d’intérêts : en 2021 le variant circulant était Beta (B.1.617.2%) a suivie de variant alpha (B.1.1.7 72%, AY.116 14%, B.1.1.528 14%) et variant delta qui avait plusieurs sous-variants. En 2022 le variant delta AY.46 soit 100%, variant alpha avec comme sous variant B.1.351 et le variant Omicron (BA.4 50%, BA.2 14%, BQ 14%, BA.5 12%, BA.1 6% XXB.1 3%, BF 1%). En 2023 le variant Omicron avec sous variant (BA.4 50%, BA.2 14%, BQ 1. 14% BA.5 12%, BA.1 6%,
XXB.1 3%) et Delta (AY.46).

Conclusion : Nous ne pouvons pas prédire où les nouveaux variants préoccupants apparaîtront ni compter sur leur détection précoce dans les endroits où la surveillance génomique est forte. Plus nous mettrons en place des systèmes de surveillance solides au niveau pays, avec des données et des liens de qualité élevée, plus nous serons en mesure de détecter rapidement les nouveaux variants et d’agir en conséquence.




Diagnostic syndromique d’éruption vésiculeuses cutanéo-muqueuses, par PCR-HRM multiplexe causée par les virus Mpox, VZV, HSV-1 et HSV-2, en RDC et en France, Prince AKIL, INRB, RDC

OBJECTIF
Depuis mai 2022, plus de 21 000 cas de variole simienne (MPOX) ont été signalés en Europe où la maladie n’est pas endémique. En 2023, le nombre de cas suspects de MPOX en République Démocratique du Congo (RDC) a doublé par rapport à 2020 pour atteindre 12 569 cas suspects signalés dont 581 cas mortels. MPOX représente un défi de diagnostique en raison de la diversité des présentations cliniques. Ces symptômes communs aux virus de l’herpès simplex de types 1 et 2 (HSV-1, HSV-2) et au virus de la varicelle/zona (VZV), complexifie le diagnostic. L’objectif était d’étudier la sensibilité et spécificité cliniques comparatives en rétrospectif dans deux laboratoires distincts, CHU de Montpellier et l’INRB de Kinshasa, avec le kit DIRASH d’AFYIA Diagnostics.

MATERIELS & METHODES
Deux études ont été menées dans le cadre de surveillance des cas d’éruptions fébriles vésiculeuses cutanéo-muqueuses de janvier 2021 à décembre 2022 par l’équipe PCCEI du CHU de Montpellier (n=237) et de décembre 2022 à janvier 2024 par l’INRB de Kinshasa (n=259). Au CHU de Montpellier, chaque patient a été dépisté avec le kit RealStar® alpha Herpesvirus PCR 1.0 (Altona Diagnostics) ciblant VZV, HSV-1 et HSV-2 et une PCR maison pour MPOX. A l’INRB, la détection de MPOX et VZV est réalisées à l’aide de deux PCR maison. Les échantillons détectés MPOX positifs sont séquencés et ceux détectés MPOX négatifs sont testés pour VZV. Ces échantillons ont été testés rétrospectivement avec le kit DIRASH dans ses laboratoires.

RESULTATS
Un total de 496 échantillons, prélevés entre janvier 2021 et janvier 2024, a été testés rétrospectivement avec le kit DIRASH, afin de comparer la sensibilité clinique de ce kit avec celles des kits utilisés dans les deux laboratoires partenaires : l’un au CHU de Montpellier en France, et l’autre à l’INRB à Kinshasa en RDC.

CONCLUSION
Les résultats de cette étude montrent que les sensibilité et spécificité cliniques des PCR (kit multiplexe Altona et PCR MPOX) du CHU de Montpellier sont comparable à celles observée avec le kit DIRASH sur le panel d’échantillons testés.
Le kit DIRASH a révélé la présence de plusieurs co-infections (MPOX/HSV-1, MPOX/HSV-2 et MPOX/VZV) ainsi que des échantillons positifs MPOX et VZV non révélée par les tests utilisés. Le sous-diagnostic sur les échantillons positifs en MPOX explique en partie ces résultats, illustrant l’avantage d’un diagnostic syndromique des éruptions cutanées fébriles.
Le kit s’avère particulièrement adapter pour répondre au besoin crucial de renforcer les moyens de diagnostics en RDC, offrant un test multiplexe rapide, transportable à température ambiante et de faible coût, pour guider la prise en charge des patients et le contrôle de l’épidémie.




Nouveau paradigme de l’épidémie de Mpox dans la province du Sud-Kivu, zone de santé de Kamituga, Prince AKIL, INRB, RDC

Objectif : Le virus de la variole du singe (MPXV) a attiré l’attention du monde entier en 2022 lors d’une épidémie généralisée liée principalement à des contacts sexuels liée principalement à des contacts sexuels. Le clade I du MPXV est répandu en Afrique centrale et se caractérise par une maladie grave et une mortalité élevée et se caractérise par une maladie grave et une mortalité élevée, tandis que le clade II est confiné à l’Afrique de l’Ouest et associé à une maladie plus bénigne.
L’Afrique de l’Ouest et est associé à une maladie moins grave. Un MPXV de clade IIb est apparu au Nigéria en 2017, avec une transmission interhumaine prolongée comme signe, la transmission interhumaine prolongée, précurseur de l’épidémie mondiale de la lignée B.1 du clade II en 2022.
En octobre 2023, une vaste épidémie de MPXV est apparue dans la région minière de Kamituga en République démocratique du Congo (RDC), sur laquelle nous avons mené une enquête.

Matériel et méthode : Les données de surveillance et les dossiers hospitaliers ont été collectés entre octobre 2023 et janvier 2024. Des échantillons de sang et des écouvillons cutanés/oropharyngés ont été obtenus pour le diagnostic moléculaire effectué à l’Institut national de recherche biomédicale (INRB) à Goma et à Kinshasa. Les génomes du MPXV ont été séquencés et analysés à l’aide d’Illumina NextSeq1000/2000 et d’outils bio-informatiques.

Résultat : L’épidémie de mpox de Kamituga s’est rapidement propagée, 241 cas suspects ayant été signalés en l’espace de 5 mois après le premier cas signalé. Sur les 108 cas confirmés, 29 % étaient des prostituées, ce qui montre que le contact sexuel est le principal mode d’infection. Le contact sexuel comme mode d’infection clé. L’analyse génomique a révélé une lignée MPXV Clade Ib distincte, divergente des souches de Clade I précédemment séquencées en RDC. La prédominance des mutations de type mutations de type APOBEC3 et la date d’émergence estimée à la mi-septembre 2023 suggèrent une transmission interhumaine récente.

Conclusions : Des mesures urgentes, notamment une surveillance renforcée et élargie, la recherche des contacts, des contacts, la prise en charge des cas et la vaccination ciblée sont nécessaires pour contenir cette nouvelle épidémie potentielle de clade Ib.




Epidémie de Mpox à Kinshasa Octobre 2023, Prince AKIL, INRB, RDC

Contexte et Objectifs : L’épidémie de mpox, maladie causée par le clade I du virus mpox et connue en RDC depuis 1970, se propage rapidement en 2023, touchant de nouvelles zones géographiques au sud et à l’est du pays. Dans les provinces où la maladie sévit de manière endémique par transmission zoonotique et interhumaine, l’incidence et la létalité augmentent et la majorité des cas notifiés concernent les enfants de moins de 15 ans. L’épidémie en RDC s’étend et des cas sont désormais observés dans des zones considérées comme non endémiques, aussi bien en zone rurale qu’en milieu urbain, comme dans la capitale Kinshasa. 1122 cas suspects  de Monkeypox dont 18 cas confirmés au laboratoire et un décès survenu ont été enregistrés à Kinshasa du mois d’août jusqu’au mois de novembre 2023. Le séquençage du génome des agents pathogènes pendant les épidémies améliore la capacité à identifier et à comprendre les clusters suspectés et à étudier leurs relations.

Matériel et Méthode : Les échantillons des lésions cutanées ou les croûtes ont été prélevés dans le cadre de la surveillance chez les patients cas suspects. La confirmation par PCR s’est effectuée au laboratoire de virologie de l’INRB. Les extraits positifs avec un CT ≤ 30 nous ont été envoyés au laboratoire de séquençage. Nous avons procédé par l’amplification en utilisant le primer spécifique ciblant le génome virus de mpox, la préparation de librairie a été faite avec le kit illumina, loading sur les plateformes Illumina. Les analyses bio-informatiques ont été effectué avec le pipeline Gevarli et CZID lesquels nous ont permis d’obtenir les consensus fasta à la fin des analyses.

Résultats : Il ressort clairement que l’âge compris entre 16 et 35 ans était majoritaire soit 83,6% suivi de l’âge entre 4 et 15ans soit 16,4%. Le sexe masculin était plus représenté soit 66,6% suivi de sexe féminin soit 33,4%. Plus de la moitié des échantillons prélevés était de vésicule soit 58, 3% et croûtes soit 41,7%. Il est ressorti que le sous clade I qui circulant pendant cette épidémie.

Conclusion : Dans l’ensemble, nos résultats mettent en évidence l’épidémiologie génomique comme un outil de surveillance et de contrôle en temps réel des épidémies de mpox et peuvent guider les futures mesures. La propagation du Mpox en RDC continue d’être une préoccupation majeure en raison de la forte prévalence et de la faible réponse. Sans une réponse rapide, le virus continuera à muter et se propager.




Renforcement des capacités du Laboratoire de Bactériologie-Virologie du CHU de Fann, DIA Mouhamadou Lamine, Laboratoire de Bactériologie-Virologie, CHU de FANN, Sénégal

1. Contexte
Dans le cadre du renforcement des capacités de séquençage et de surveillance génomique du SARS-CoV-2 et des pathogènes émergents en Afrique de l’Ouest et centrale, le projet AFROSCREEN soutient 3 structures de santé au Sénégal : le Centre Hospitalier National Universitaire de Fann (CHNUF), l’hôpital Dalal Jamm et l’Institut Pasteur de Dakar. Le Laboratoire de Bactériologie-Virologie du CHNUF a bénéficié d’un renforcement des compétences sur le séquençage avec trois volets : des travaux d’aménagement du laboratoire, l’acquisition d’équipements et la formation du personnel.

2. Etat d’avancement
Des travaux d’aménagement ont été entrepris au niveau du laboratoire pour pouvoir répondre aux normes pour la réalisation des activités de biologie moléculaire.
Par la suite, le projet AFROSCREEN a fourni au laboratoire un séquenceur de type iSeq 100 (Illumina) et divers autres équipements pour la réalisation des tests de séquençage.
La formation du personnel du laboratoire sur le séquençage a été effectuée au laboratoire de Virologie du CHU Henri Mondor de Paris. Un accompagnement in situ pour la réalisation des tests de séquençage et la maintenance des équipements est assuré par le représentant local d’Illumina : la Sénégalaise des Systèmes Médicaux (SSM).

3. Résultats
Le séquençage et la PCR de criblage effectués sur une centaine d’échantillons reçus entre 2021 et 2022 ont permis de retrouver les variants Alpha, Delta et Omicron.

4. Conclusion
Le renforcement de capacités a permis au laboratoire de Bactériologie-Virologie du CHNUF de décrire en rétrospective, la circulation des variants du SARS-CoV-2. En perspective, le laboratoire pourra effectuer le séquençage d’autres agents pathogènes lui permettant de jouer un rôle important dans la surveillance épidémiologique au Sénégal.




CDC Trioplex Diagnostic Assay underperforms in detection of circulating Chikungunya West African genotype, Idrissa DIENG, Pole de Virologie, Institut Pasteur de Dakar, Sénégal

The Institut Pasteur de Dakar carries out a Sentinel Syndromic Surveillance of arboviruses, including the Chikungunya virus, in Senegal since 2015. An unprecedented CHIKV outbreak in Senegal in late 2023 spread to The Gambia. The CDC Trioplex Kit’s performance was evaluated, revealing underperformance in detecting circulating strains.




Waiting in the Wings: The Resurgence of Sylvatic Dengue Virus in Senegal within a Hyperendemic Context, Idrissa DIENG, Pole de Virologie, Institut Pasteur de Dakar, Sénégal

Dengue virus (DENV) poses an escalating public health challenge in Africa, despite its historical rarity in the region. Between certain years, epidemics linked to DENV serotypes 1-4 have been documented, primarily in West Africa. In Senegal, the virus landscape was historically dominated by Sylvatic DENV-2 in the south. However, a significant shift occurred in 2009 with the emergence of the first urban epidemic associated with DENV-3. Subsequently, annual epidemics have been observed since 2017, yet data on circulating virus variants (serotypes, genotypes, lineages, and clades) remain scarce.

To address this gap, we utilized nanopore sequencing to conduct molecular and genomic surveillance of DENV strains detected through the 4S network, a sentinel syndromic surveillance program. Over the period of 2019 to 2023, we collected remnant sera from 8746 individuals, alongside demographic and epidemiological data. RNA extraction and real-time RT-PCR were performed, followed by molecular serotyping using CDC dengue typing Kit. Whole genome sequencing was achieved through a serotype-specific multiplex PCR tiling approach, facilitated by the Nanopore MinION device.

Bioinformatics, phylogenetic, and phylogeographic analyses were conducted to elucidate virus variants and dispersal patterns. Out of the screened samples, 434 tested positive for DENV RNA, revealing the co-circulation of DENV 1-3. Notably, among serotyped samples, DENV-3 predominated (72.82%), followed by DENV-1 (17.41%) and a smaller proportion of DENV-2 (1.05%). Intriguingly, a group of samples from southern Senegal defied serotyping, later identified as sylvatic DENV-2 (DENV-2/GVI) through genomic analysis.

Sequencing yielded 39 nearly complete genomes, unveiling diverse clades within genotypes III and V for DENV-3 and DENV-1, respectively. DENV-2 exhibited cosmopolitan and sylvatic genotypes, with the latter previously unrecognized. Phylogeographic analysis traced the origin of DENV-2/GVI to 2009, indicating sustained circulation in southern Senegal. This underscores the necessity for one health surveillance, integrating arboreal mosquitoes and non-human primates as reservoirs.

Incorporating genomic tools into surveillance efforts is crucial for understanding DENV epidemiology. The resurgence of DENV-2/GVI raises concerns regarding vaccine efficacy and diagnostic accuracy, emphasizing the need for updated management strategies in Senegal and Africa.




An amplicon-based Illumina and nanopore sequencing workflow for Chikungunya virus West Africa genotype, Idrissa DIENG, Pole de Virologie, Institut Pasteur de Dakar, Sénégal

The Chikungunya virus, a global arbovirus, is currently causing a major outbreak in the Western African region, with the highest cases reported in Senegal and Burkina Faso. Recent molecular evolution analyses reveal that the strain responsible for the epidemic belongs to the West African genotype, with new mutations potentially impacting viral replication, antigenicity, and host adaptation. Real-time genomic monitoring is needed to track the virus’s spread in new regions. A scalable West African genotype amplicon-based Whole Genome Sequencing for multiple Next Generation Sequencing platforms has been developed to support genomic investigations and identify epidemiological links during the virus’s ongoing spread. This technology will help identify potential threats and support real-time genomic investigations in the ongoing spread of the virus.




Surveillance sentinelle au Sénégal et investigation des variants du SARS-CoV-2, Diallo Sénégal, Institut Pasteur de Dakar, Sénégal

La pandémie persistante du SARS-CoV-2 a engendré l’apparition de nouveaux variants préoccupants pour leurs propriétés épidémiologiques, cliniques et virologiques. Ce projet vise à améliorer la surveillance des variants du SARS-CoV-2 au Sénégal par le renforcement des capacités de séquençage et de surveillance épidémiologique. Une étude prospective multicentrique a été menée, débutant au site hospitalier de Fann et s’étendant à diverses structures de santé à travers le pays. L’objectif principal est d’analyser les caractéristiques épidémiologiques, cliniques et biologiques des nouveaux variants identifiés. Les résultats préliminaires montrent une présence significative de variants tels qu’Omicron et ses dérivés, soulignant l’importance d’une surveillance continue et de la promotion de la vaccination, en particulier dans les régions à faible couverture vaccinale. Les données obtenues permettent d’informer les décisions de santé publique et de développer des stratégies de contrôle adaptées.





Évaluation de la performance de deux protocoles de séquençage du SARS CoV2 par la technique Oxford Nanopore technology à Lomé-Togo, Abla Ahouefa KONOU, Laboratoire de Biologie moléculaire et d’Immunologie (BIOLIM/FSS-UL), Togo

Dans le souci d’une offre de service de séquençage du SARS CoV-2 de qualité et à moindre coût, ce travail a été initié avec pour objectif d’évaluer la performance des techniques de séquençage de Oxford Nanopore par rapport à celle d’Illumina au Togo.

Entre Juillet et Octobre 2022, des souches de SARS CoV 2 obtenus à partir de prélèvements oropharyngés testés positifs à Lomé ont été séquencés suivant le protocole d’Illumina utilisant le kit Covidseq. Par ailleurs, les mêmes souches ont fait l’objet d’u séquençage selon les protocoles ARTIC et Midnight de Oxford Nanopore Technology au laboratoire de Biologie moléculaire et d’Immunologie (BIOLIM/FSS-UL). Le protocole Illumina a été pris comme gold standard.

Au total 45 échantillons ont été séquencés en utilisant les protocoles Illumina et Midnight ; 42 échantillons ont été séquencés avec le protocole ARTIC. La couverture des séquences des protocoles Illumina, Midnight et ARTIC était respectivement de 99%, 97% et 80%. Toutes les souches étaient du  variant Omicron. Les trois méthodes ont donné des clades identiques. Par rapport aux lignées, nous avons obtenus une concordance de presque 100% pour les sous-lignée BA.2, BA.4, BA.5 et BE. Cependant des discordances ont été retrouvés avec la sous-lignée BQ.1.
 
En prenant la technique Illumina comme référence, le protocole Midnight s’est révélé être une méthode plus performante.




Apport du projet AFROSCREEN dans la surveillance génomique du SARS CoV2 au Togo, Abla Ahouefa  KONOU, Laboratoire de Biologie moléculaire et d’Immunologie (BIOLIM/FSS-UL), Togo

Le séquençage NGS est essentiel pour une meilleure surveillance génomique du SARS CoV2 mais reste un défi pour les pays à ressources limitées. Avec le soutien du projet AFROSCREEN, le Laboratoire de Biologie moléculaire et d’Immunologie (BIOLIM/FSS-UL) du Togo, a bénéficié d’une plateforme complète pour le NGS. Ceci a permis de commencer à partir de 2022 cette surveillance et décrire les variants circulants.

Entre octobre 2022 et décembre 2023, les échantillons positifs à la RT-PCR prélevés chez des voyageurs au départ de Lomé et des cas cliniques suspects de Lomé ont été séquencés. Les échantillons ayant un CT <28 ont été séquencés avec le protocole Illumina « Covidseq » à BIOLIM.FSS-UL. Les données générées après séquençage ont été analysées avec le pipeline  » GeVarLi « , de l’IRD. Les fastas ont été soumis sur GISAID.

Au total 1194 cas confirmés par RT-PCR ont été reçus par BIOLIM/FSS-UL, dont 265 ont été séquencés et 189 génomes de bonne qualité soumis sur GISAID. Il s’agissait des sous-lignées omicron. Ainsi, la sous-lignée BA.1 apparue en janvier 2023 était remplacée par les sous lignées BA.2, BA.4, BA.5 ; BA.5.1 et BE.1 en juillet. De septembre à octobre, prédominaient les sous-lignées BQ et enfin les sous-lignées XBB en décembre.

Le projet AFROSCREEN a permis le renforcement des capacités et la mise en place de la surveillance génomique du SARS-CoV2 à partir de 2022 jusqu’à nos jours.




Surveillance sentinelle et investigation des variants du SARS-CoV-2 : expérience du Togo d’octobre 2022 à mars 2024, Rodion Konu, Laboratoire de Biologie moléculaire et d’Immunologie (BIOLIM/FSS-UL), Togo

Contexte : La surveillance génomique du SARS-CoV-2 est essentielle afin d’éclairer les décisions concernant les mesures de santé publique, les outils de diagnostic, les traitements et la vaccination.

Objectif : bâtir un système de surveillance sentinelle ; décrire le profil épidémiologique et génomique des cas confirmés de SARS-CoV-2 au Togo.

Méthodes : Cinq sites sentinelles ont été mis en place à Lomé et Sokodé d’Octobre 2022 à Mars 2024. Tous les cas confirmés d’infection à SARS-CoV-2 ont été inclus. Les caractéristiques sociodémographiques, cliniques et épidémiologiques ont été documentées. Le séquençage du SARS-CoV-2 a été réalisé dans le Laboratoire Biolim de l’Université de Lomé.

Résultats : ont été inclus 277 cas confirmés d’infection à SARS-CoV-2 dont 51,6% d’hommes. L’âge médian était de 40 ans (IIQ : 32 – 56). Le taux mensuel de positivité variait de 0,2% en décembre 2022 à 9,2% en Juillet 2023.  Au moins un antécédent pathologique retrouvé chez 8,0% des cas et 55,1% avaient reçu au moins une dose de vaccin contre COVID-19. Environ 89,9% (n=246) des sujets étaient symptomatiques, 27,1% (n=75) ont été hospitalisés dont 24,0% en soins intensifs. Un cas de décès a été rapporté. Au total, 160 souches de SARS-CoV-2 ont été séquencés et 101 (63,1%) étaient des séquences de bonne qualité. Le variant retrouvé était de l’Omicron.

Conclusion : le système de surveillance génomique des variants du SARS-CoV-2 mis en place au Togo dans le cadre du projet AFROSCREEN est fonctionnel et pourra être étendu à d’autres pathogènes.

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