Gestion et partage de données des séquences
Pour alerter rapidement les autorités de santé et la communauté internationale en cas d’émergence de variant d’intérêt.
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Nombre de séquences déposées sur GISAID depuis janvier 2022
L’OMS a souligné l’importance pour tous les pays de mettre en place un système de surveillance génomique du SARS-CoV-2 et de partager rapidement les informations dans les bases de données publiques pour comprendre et éradiquer le virus à l’échelle mondiale.
Aujourd’hui en Afrique, des séquences ont été obtenues et téléchargées sur la base des données publiques GISAID pour moins de 1 % des cas de Covid-19 déclarés.
Le projet AFROSCREEN renforce le système de surveillance génomique de chaque pays, là où il est en place, et accompagne son développement là où il n’existe pas encore.
La mise en place de l’activité de routine de surveillance génomique des variants dans les laboratoires s’accompagne d’une mise à disposition très rapide des résultats aux autorités de santé nationales et à la communauté internationale, par exemple à travers la plateforme publique GISAID.
Ceci permet une analyse phylogénétique des souches séquencées. Outre la mise en évidence de variant préoccupant (VOC), cela permet également de réaliser des études d’épidémiologie moléculaire sur la circulation des souches de SARS-CoV-2 en Afrique et d’estimer la date et lieu de leur émergence avec des analyses d’horloges moléculaires et de phylogéographie.
L’objectif final du projet est de mettre à disposition des données de séquençage et épidémiologiques pour aider les décideurs à définir les priorités de santé publique et les mesures de prévention pour contrôler et limiter la circulation des variants.
La plateforme en libre accès GISAID favorise le partage rapide des données de tous les virus de la grippe et du coronavirus responsable de la Covid-19.
Cela comprend les séquences génétiques et les données cliniques et épidémiologiques associées aux virus (sexe, âge, date et lieu du prélèvement, état vaccinal, etc.), pour aider les chercheurs à comprendre comment les virus évoluent et se propagent pendant les épidémies et les pandémies.
L’Organisation mondiale de la Santé (OMS) classe les « variants à suivre » (VOI, variant of interest en anglais) ou les « variants préoccupants » (VOC, variant of concern en anglais) en fonction des risques qu’ils peuvent poser pour la santé publique : transmissibilité accrue, échec diagnostique, diminution de l’efficacité de l’immunité naturelle et vaccinale, et diminution de la sensibilité aux traitements.
L’épidémiologie moléculaire est une branche de l’épidémiologie utilisant des marqueurs moléculaires pour décrire ou analyser des phénomènes pathologiques. Elle permet notamment de relier épidémiologiquement des foyers d’une maladie infectieuse grâce au traçage des souches de l’agent pathogène, et d’identifier des chaînes de transmission.