Publication d’un article scientifique dans le cadre du projet AFROSCREEN : « CDC Trioplex diagnostic assay underperforms in detection of circulating Chikungunya West African genotype »
Publication d’un article scientifique dans le cadre du projet AFROSCREEN : « CDC Trioplex diagnostic assay underperforms in detection of circulating Chikungunya West African genotype »
Virus Chikungunya à la surface d’une cellule © Institut Pasteur/Thérèse Couderc, Groupe Microorganismes et Barrières de l’Hôte Avenir Inserm U604. Plate-Forme Microscopie Ultrastructurale – Colorisation Jean-Marc Panaud.
Depuis 2015, dans le cadre du programme de surveillance nationale des fièvres du réseau 4S ; le laboratoire de virologie de l’Institut Pasteur de Dakar réalise des tests moléculaires pour détecter des virus transmis par les moustiques, dont le Chikungunya. Fin 2023, le Sénégal a enregistré sa plus grande épidémie avec 210 cas de Chikungunya confirmés par RT-qPCR.
Face à la propagation de ce virus (CHIKV) en Gambie et au Burkina Faso, et à l’augmentation potentielle des cas dans la région, la performance du RT-qPCR CDC Trioplex a été évaluée. Ce système détecte simultanément les virus Zika, Dengue et Chikungunya à partir d’échantillons de sérum collectés au début de l’épidémie.
Un retard moyen de 7 valeurs de Ct (cycle threshold) a été constaté par rapport au dispositif interne RT-qPCR CHIKV de l’Institut Pasteur de Dakar pour 15 échantillons positifs de CHIKV, ce qui signifie qu’il était moins sensible. Pour comprendre la raison de ce retard, les échantillons ont été séquencés et les séquences des tests analysées. L’analyse a révélé des mésappariements dans les séquences cibles du génotype Chikungunya Afrique de l’Ouest (WA) pour les amorces et sondes utilisées avec le RT-qPCR CDC Trioplex, dus aux mutations de ce virus ARN. Ces incompatibilités, peuvent perturber l’efficacité de la détection du virus.
De plus, des études antérieures montrent que des variations génétiques peuvent entraîner des résultats faux négatifs, notamment lorsque la charge virale est intermédiaire à faible (valeurs de Ct > 28). En revanche, le RT-qPCR interne CHIKV de l’Institut Pasteur de Dakar a montré une détection fiable sans mésappariements pour le génotype WA.
Cette étude montre l’importance de vérifier régulièrement la performance des analyses et de suivre les évolutions génomiques des virus pendant les épidémies.
Virus Chikungunya à la surface d’une cellule © Institut Pasteur/Thérèse Couderc, Groupe Microorganismes et Barrières de l’Hôte Avenir Inserm U604. Plate-Forme Microscopie Ultrastructurale – Colorisation Jean-Marc Panaud.
Depuis 2015, dans le cadre du programme de surveillance nationale des fièvres du réseau 4S ; le laboratoire de virologie de l’Institut Pasteur de Dakar réalise des tests moléculaires pour détecter des virus transmis par les moustiques, dont le Chikungunya. Fin 2023, le Sénégal a enregistré sa plus grande épidémie avec 210 cas de Chikungunya confirmés par RT-qPCR.
Face à la propagation de ce virus (CHIKV) en Gambie et au Burkina Faso, et à l’augmentation potentielle des cas dans la région, la performance du RT-qPCR CDC Trioplex a été évaluée. Ce système détecte simultanément les virus Zika, Dengue et Chikungunya à partir d’échantillons de sérum collectés au début de l’épidémie.
Un retard moyen de 7 valeurs de Ct (cycle threshold) a été constaté par rapport au dispositif interne RT-qPCR CHIKV de l’Institut Pasteur de Dakar pour 15 échantillons positifs de CHIKV, ce qui signifie qu’il était moins sensible. Pour comprendre la raison de ce retard, les échantillons ont été séquencés et les séquences des tests analysées. L’analyse a révélé des mésappariements dans les séquences cibles du génotype Chikungunya Afrique de l’Ouest (WA) pour les amorces et sondes utilisées avec le RT-qPCR CDC Trioplex, dus aux mutations de ce virus ARN. Ces incompatibilités, peuvent perturber l’efficacité de la détection du virus.
De plus, des études antérieures montrent que des variations génétiques peuvent entraîner des résultats faux négatifs, notamment lorsque la charge virale est intermédiaire à faible (valeurs de Ct > 28). En revanche, le RT-qPCR interne CHIKV de l’Institut Pasteur de Dakar a montré une détection fiable sans mésappariements pour le génotype WA.
Cette étude montre l’importance de vérifier régulièrement la performance des analyses et de suivre les évolutions génomiques des virus pendant les épidémies.