Des émergences récentes au Bénin du virus Mpox en mai, puis Lassa en août 2023, ont motivé les partenaires AFROSCREEN à développer leurs capacités de séquençage pour la surveillance génomique au-delà du virus de SARS-CoV-2.

Ainsi, en octobre 2023, avec l’appui de l’IRD au travers du projet AFROSCREEN, l’IRCB (Institut de Recherche Clinique du Bénin, dirigé par le Pr Achille MASSOUGBODGI, appuyé par l’UMR IRD MERIT) et le LFHV (Laboratoire des Fièvre Hémorragiques et Virales et Arboviroses, dirigé par le Dr Anges YADOULETON), ont renforcé la plateforme de séquençage, avec un nouvel équipement de contrôle qualité (Tapestation, Agilent) et des réactifs de séquençage panviraux (pour le séquençage de plus de 3 000 virus). Ces deux instituts ont organisé la formation de 6 biologistes béninois au séquençage NGS des virus Lassa et Mpox, sur les échantillons collectés en phase d’épidémie.

La mission des deux ingénieures de l’IRD TRANSVIHMI Christelle BUTEL et Laetitia SERRANO s’est déroulée du 9 au 20 octobre 2023 au laboratoire de l’IRCB à Abomey-Calavi. Elle a permis de consolider l’expertise théorique et pratique en séquençage et en analyses bioinformatiques des données de séquençage des deux biologistes béninois, Odilon Paterne NOUATIN (IRCB) et Islamiath KISSIRA (LFHV) qui avaient déjà bénéficié d’une formation initiale de 2 mois à Montpellier en début de projet sur le séquençage du SARS-CoV-2, ainsi que l’expertise de Flocas DANSI SOCLO (LFHV), Antoine HOWDONOUGBO (LFHV), Olga QUENUM (LFHV) et Stéphane SOHOU (LFHV).

Les résultats de séquençage obtenus au cours de cette formation sur l’iSeq100 de l’IRCB (séquenceur Illumina, fourni par AFROSCREN) sont excellents, avec la production en quelques jours de génomes complets de bonne qualité pour les virus Lassa et Mpox pour la première fois sur place au Bénin.

Cette mission technique a aussi été l’occasion de faire un retour d’expérience et de discuter de pistes d’amélioration des protocoles expérimentaux de séquençage au Bénin, et de faire plus largement un point sur les besoins de laboratoire pour poursuivre sa mise à niveau (équipements, aménagements et formations complémentaires). Les capacités de séquençage des équipes du LFHV et de l’IRCB ont ainsi été renforcées afin de leur permettre de réagir plus rapidement en cas de nouvelles épidémies de Lassa, Mpox ou même d’autres virus (ex. arbovirus), pour identifier les souches, et ainsi documenter l’origine des émergences, et informer les autorités publiques sur la circulation des virus à haut potentiel épidémique pour contribuer à les maitriser.

Des émergences récentes au Bénin du virus Mpox en mai, puis Lassa en août 2023, ont motivé les partenaires AFROSCREEN à développer leurs capacités de séquençage pour la surveillance génomique au-delà du virus de SARS-CoV-2.

Ainsi, en octobre 2023, avec l’appui de l’IRD au travers du projet AFROSCREEN, l’IRCB (Institut de Recherche Clinique du Bénin, dirigé par le Pr Achille MASSOUGBODGI, appuyé par l’UMR IRD MERIT) et le LFHV (Laboratoire des Fièvre Hémorragiques et Virales et Arboviroses, dirigé par le Dr Anges YADOULETON), ont renforcé la plateforme de séquençage, avec un nouvel équipement de contrôle qualité (Tapestation, Agilent) et des réactifs de séquençage panviraux (pour le séquençage de plus de 3 000 virus). Ces deux instituts ont organisé la formation de 6 biologistes béninois au séquençage NGS des virus Lassa et Mpox, sur les échantillons collectés en phase d’épidémie.

La mission des deux ingénieures de l’IRD TRANSVIHMI Christelle BUTEL et Laetitia SERRANO s’est déroulée du 9 au 20 octobre 2023 au laboratoire de l’IRCB à Abomey-Calavi. Elle a permis de consolider l’expertise théorique et pratique en séquençage et en analyses bioinformatiques des données de séquençage des deux biologistes béninois, Odilon Paterne NOUATIN (IRCB) et Islamiath KISSIRA (LFHV) qui avaient déjà bénéficié d’une formation initiale de 2 mois à Montpellier en début de projet sur le séquençage du SARS-CoV-2, ainsi que l’expertise de Flocas DANSI SOCLO (LFHV), Antoine HOWDONOUGBO (LFHV), Olga QUENUM (LFHV) et Stéphane SOHOU (LFHV).

Les résultats de séquençage obtenus au cours de cette formation sur l’iSeq100 de l’IRCB (séquenceur Illumina, fourni par AFROSCREN) sont excellents, avec la production en quelques jours de génomes complets de bonne qualité pour les virus Lassa et Mpox pour la première fois sur place au Bénin.

Cette mission technique a aussi été l’occasion de faire un retour d’expérience et de discuter de pistes d’amélioration des protocoles expérimentaux de séquençage au Bénin, et de faire plus largement un point sur les besoins de laboratoire pour poursuivre sa mise à niveau (équipements, aménagements et formations complémentaires). Les capacités de séquençage des équipes du LFHV et de l’IRCB ont ainsi été renforcées afin de leur permettre de réagir plus rapidement en cas de nouvelles épidémies de Lassa, Mpox ou même d’autres virus (ex. arbovirus), pour identifier les souches, et ainsi documenter l’origine des émergences, et informer les autorités publiques sur la circulation des virus à haut potentiel épidémique pour contribuer à les maitriser.